新冠疫情一夕數變，5月22日行政院長蘇貞昌召開防疫會議，盤點整備防疫能量，當時行政院認為各部準備的防疫物資、防疫旅館、集中檢疫所以及專責病床等「尚足因應」。
沒想到才3天後，25日中央疫情指揮中心就做出政策大調整：因為擴大篩檢讓快篩陽性者快速增加，之後會讓無症狀、沒有住院需求的確診者居家隔離。這也等於承認：防疫旅館、集中檢疫與專責病床已不敷使用。不只病床不足，台北市長柯文哲同一天指出，台北市衛生局只賸兩瓶疫苗，只夠打20個人。此外，據《報導者》指出，過去一年多快篩試劑根本未列入整備物資中。
很明顯的，中央防疫指揮中心越見難以因應疫情快速發展，它努力想維持「全國一盤棋」的防疫政策，但已顯得力不從心──最近一個例子就是金門等離島設置機場快篩的決策，很可能就是因為指揮中心決策牛步、莫名地瞻前顧後，讓外島零染疫破功。
金門機場快篩指揮中心反應慢
金門縣政府5月23日宣布，搭飛機進入金門者需提出核酸檢驗陰性證明，不然得在機場接受快篩，縣府並著手建置機場快篩站。這項命令遭中央疫情指揮中心以違反全國「標準一致、說法一致、腳步一致」的原則而被撤銷，並派人拆除金門機場快篩站。指揮中心強調，金門縣府未提出書面申請，程序不完備，違反《傳染病防治法》等法規。
這個事可以從三個層次來看；
首先，金門縣政府有沒有權力這個項決定？
台灣不同於美國，美國是聯邦制國家，很多防疫工作屬州的自治事項，因此中央與地方不同調的情況很多。要不要規定民眾在公共場所得戴口罩，各州規定也不同。要實施多嚴格的封鎖、警戒令，包括封城、封州，也是地方政府權限。例如去年夏天美國疫情再度升溫時，麻州州長貝克（Charlie Baker）發布行政命令宣布，從8月1日起所有入境麻州的人，包括麻州州民，都須強制自主隔離14天，違者最高每日罰500美元。
而台灣防疫是中央一條鞭，依《傳染病防治法》規定，中央主管機關是在訂定傳染病防治政策及計畫，地方地府則是依中央訂定的防治政策、計畫擬定執行防治工作，其中包括部分港埠的檢疫工作。就這點而言，中央是有權力要求金門取消機場檢疫措施。
第二個層次是：金門縣政府是不是真的不想依中央規定行事？
據金門縣長楊鎮浯的說法，縣府在5月17日、21日兩度行文疾管署建請指揮中心在台灣端機場設置快篩站，若中央無法配合則要求同意縣府在金門機場入境處設快篩站，但中央都未回應。在中央沒有回覆的情況下，金門自行設立了快篩站。
防堵病毒擴散是與死神賽跑，17日到23日中央遲遲不回應，直到金門設了快篩站後，25日晚間指揮中心才宣布，同意金門縣、澎湖縣、連江縣等三離島得在符合篩檢流程條件及後送配套流程下，提供「自願性採檢」。指揮中心的反應太慢才迫使地方政府自行「違法」設防疫站。
可以強制量體溫不能強制篩檢？
第三個層次是：只准「自願性」、不許「強制性」採檢合理嗎？ （相關報導： 指揮中心點頭 金馬澎湖可提供自願性採檢服務 ｜ 更多文章 ）
中央疫情指揮中心強調，對國內跨縣市移動採取人員進出管制，或要求民眾強制普篩，屬全國一致性的重要政策，依《傳染病防治法》，應由中央指揮官之指示辦理。因此強調離島篩檢必須是「自願」而非「強制」。
