藻礁公投連署數突破安全門檻，第三液化天然氣接收站案生變數，環團出身的民進黨不分區立委洪申翰4日表示，表層看來此題是保育與開發對立，實質上是環保對環保，在這時是很不容易的決策，也非簡單是非善惡的問題，對藻礁公投方質疑為何不採台北港替代？洪申翰坦言，台北港的問題最大是時間，如果三接換到台北港，樂觀時間是9、10年，確會導致減煤計畫停滯，供電風險增加。
洪申翰提到，環團爭論三接目前規劃的離岸方案影響為何，但如果拉到台北港，減煤計畫會停滯，供電風險增加，左邊是更大程度保育，右邊是大程度減煤減空污，這選擇對洪申翰來說，不該是尖銳對立。對公投成案，洪申翰認為接下來重點是釐清，讓對話比較正向，讓資訊更完整充足，不要簡化扭曲，但洪申翰也坦言，這麼複雜事情在現在環境下並不容易。
去年6月，潘忠政等環團人士面見總統蔡英文，希望重新評估三接案，過去和環團是戰友，也曾對賴清德內閣時代三接環評程序有質疑的洪申翰當時也在場，蔡英文之後責成總統府副秘書長李俊俋到中壢回訪潘忠政，雖然蔡英文無法同意潘忠政等聽證會需求，也在潘忠政等期待下，在潘忠政等能信任的農委會於去年6月、7月、9月再開3場公聽會，洪申翰也出席其中一場。
知情民進黨政高層指出，去年下半年和環團的再溝通，以洪申翰、李俊俋、農委會主委陳吉仲，以及曾試圖再對環團釋出善意，願意再請中油把三接離岸方案再往外海貼的經濟部次長曾文生為最重要的4人。這次藻礁公投風暴，環團出身的洪申翰的態度也被民進黨內外視為指標人物，洪申翰4日受訪完整闡述此議題的各面向理解。
針對台北港替代方案，洪申翰表示，到台北港最大麻煩點確實是時間問題，他不採用中油的2018的說法，因為他並不相信，他曾找經濟部行政部門研究，認為所需時間環評、調查、工程，算起來要9、10年以上，這是最樂觀，加上台北港確實也有地方議員反對。
洪申翰認為，如果2030完工，實質影響是2023、2024政府定更大幅度用燃氣取代燃煤，因為中南部減煤壓力呼聲很高，如果三接2030年才做好，原本預計2023、2024減煤會停滯。
至於三接如換到台北港，是否衝擊供電問題？洪申翰認為，數據上看來不一定到絕對停限電，但大潭8號、9號機即便機組做好，因為沒氣用，精準描述是供電風險戶會增加，他不敢說會絕對停限電，但供電風險會增加。
洪申翰：如中油2015開誠布公台北港方案就沒那多問題？
洪申翰進一步表示，這時間點作決策很不容易，這裡面不是簡單是非善惡問題，從環保角度，兩邊都有需要努力工作的方向，他也理解很多環團心情，如果中油在2015、2016年就開誠布公台北港方案，是否就沒那多減煤時程延遲問題？環保團體從運動角度會這樣問，當初如果就這樣，也許這幾年就完工，這是環團很大心情的憤怒來源。
不過，洪申翰也說，確實從政治上來說，只能在現在時間點作選擇跟決策，很難回到過去，這也是環團批判中油的原因，這是環團的感受，且經歷了這樣的過程，這是現在這時間點作決策不容易的地方。他想跟環團朋友說，政治上的角度，決策沒法回到過去，只能在這個時間點來想，看未來怎麼能做的更好。 （相關報導： 獨家》迎戰藻礁公投 民進黨高層：府院黨團評估反制公投案 ｜ 更多文章 ）
對賴清德內閣時代此案環評程序，洪申翰也說，當初確實環評密集開，因此就會被質疑，但沒有人是100分聖人或聰明人，「有就不是這樣」。「大家在某些時候決策、判斷沒有想完整」，洪申翰表示，且如果中油真在2015、2016年間就選擇在台北港做三接，就不會有壓力？政治沒法回到過去，台北港最大問題是時間，7、8年來環團也花很多力氣做減煤，另外，台北港鄰近也有太多嫌惡設施，地方民意反對。
