教育部長蔣偉寧因涉入論文審查程序造假風波，14日宣布請辭，但風暴在學術界似乎仍未停歇，學界人士已經質疑，陪同蔣偉寧舉行澄清記者會的教育部主秘王作台，原來是前行政院長劉兆玄的人馬，後來跟著蔣到教育部，劉兆玄推薦蔣應該也要負責。
學界也批評，這起風暴是「台灣學術圈典型的共犯結構」，國際《海洋科學前瞻雜誌》主題編輯、中研院研究員陳昭倫表示，如果蔣偉寧不知道陳震遠掛名，只有一個可能，就是「手下太多，從來不看稿子，貪圖論文，有得掛就掛」，這正是台灣學術圈的沉痾，大牌老師隨便學生掛名，增加論文發表數量，學生也樂得有老師「罩」。若非如此，就是蔣偉寧看過稿子、也同意刊登，稱不知情就是說謊。
也有中研院士表示，馬英九總統對於科技人事十分注重劉兆玄意見，劉兆玄大力舉薦蔣偉寧，而包括前中研院副院長劉兆漢、前教育部長曾志朗都與劉討論推舉蔣為合適人選。院士說：「蔣背後的那群人，掌握一切的科技人事與5年5百億的政策分配。」而蔣的12年國教政策荒腔走板、備受爭議，是一位只會承行馬英九總統意志的人，毫無教育核心理念，如今論文學術倫理又受質疑，「應去追究這麼爛的人，是誰推薦的？」
不過，劉兆玄，曾志朗都否認推薦蔣偉寧，曾志朗並表示，論文風波應先釐清各方原委，不要未審先判，否則對蔣偉寧和其他論文發表人也不公平。
科技部次長林一平表示，會聯繫陳震遠儘快至科技部說明，若假冒審查人查證屬實，「他在台灣學術界應該待不下去了！」
民進黨立委黃偉哲受訪則說，蔣偉寧已因12年國教變全民箭靶，現在剛好讓他下台，平息民怨，蔣偉寧成了總統馬英九與行政院長江宜樺的犧牲品，不過這不會是學術圈內唯一的個案，教育部與科技部都應自清，監察院也應調查，揪出其他的未爆彈。不過，監委任期將屆，新任監委的同意權還未經立法院通過。
