我國海軍敦睦艦隊爆發新冠肺炎（武漢肺炎）群聚感染，截至25日累計31人確診，相關接觸者高達700多人走入社區，引發外界憂心防疫出現破口，各方也針對國防部防疫管制提出質疑。對此，前國防部長蔡明憲表示，國軍防疫控制不當引起社會反彈，身為三軍統帥的總統蔡英文，就是最該為此負責的人，蔡明憲呼籲蔡英文，在疫情過後落實真正的國防改革。
蔡明憲表示，3月時全球新冠肺炎疫情已經爆發，在疫情嚴峻時刻，敦睦艦隊仍出航執行任務，蔡明憲質疑，國防部的防疫規劃恐怕並未完整合宜，出航艦隊是否有落實防疫工作也有待檢討。蔡明憲也指出，感染爆發後，為什麼沒有啟動防疫程序？海軍公布事項錯誤連連，艦隊官兵戴口罩、篩檢、離船的狀況等也都被抓包打臉，讓他疑惑「出問題的螺絲到底在哪裡？」
蔡明憲表示，這起案件導致官兵成為眾矢之的，嚴重打擊國軍士氣，但其實官兵都是配合長官的指令，國防部的領導階層應全面進行檢討，身為三軍統帥的蔡英文，更該負起最大責任，即使已經向國人道歉，仍要妥當處理善後事宜；蔡明憲也呼籲，國人同胞應多給予基層官兵支持和關心，他們不是該被歧視或謾罵的對象。
蔡明憲強調，蔡英文以高票連任總統，希望在疫情結束後，她能落實真正的國防改革，除了過去4年來的國機國造、國艦國造初見成效，現在也應繼續積極強化國防與亞太區域安全合作，有效增加國防年度預算，藉此強化嚇阻性戰備、落實國防產業自主，並以徵兵募兵並行，強化後備軍人訓練，以全面提升台灣的國防，嚇阻中共的侵略意圖。
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