台灣新冠肺炎疫情原本在4天3日零確診的情況發展下可以獲得有效管控的漂亮成績單，然而，卻因為海軍敦睦艦隊官兵在執行遠洋航行訓練及訪問邦交國後，發生為數不少的染疫個案（截至4月22日為止有28位確診）而破功，尤其這些官兵返國下船返家到處趴趴走的足跡遍步全台各地，大量群聚感染危機隱隱浮現，目前雖已全部召回並在集中檢疫所進行隔離與檢疫，但到底還會爆發多大的感染或傳染疫情？的確難以預料！
因此，在全台輿論嘩然及指責、質疑聲音不斷的情況下，國防部長嚴嚴德發終於出面召開記者會公布初步調查報告並對國人表達歉意，他並表示已經與海軍司令劉上將向蔡總統自請處分，並將艦指部指揮官高中將與擔任支隊長的艦指部參謀長陳少將調離現職，之後事證到哪裡就檢討懲處到哪裡。
隨後，蔡英文總統也在臉書發文表示，國防部應坦誠面對問題，現階段國軍更應積極強化防疫作為，面對疫情擴散風險，她更要求本案所有相關人員務必配合疫情指揮中心的疫調及國防部專案小組的調查，不得有所隱瞞，國軍絕不能因為本案，影響國軍日常的戰力整備和國家安全的維護任務。顯然，蔡總統應該對本案疫情的爆發與可能的擴散影響有所警覺，以軍方的舊有習性與慣性，「如何不有所隱瞞？」是問題的關鍵所在，而作為國家領導人更重要的是「如何確保國軍日常的戰力整備和國家安全的維護？」的最關鍵問題，畢竟，台灣目前是處於新冠肺炎疫情可能大爆發與山雨欲來的兩岸軍事緊張威脅的雙重夾擊政治情勢當中，絕對不能加以輕忽或懈怠。
其實，根據國防部初步調查報告內容，列舉了三大目的與四項缺失做了交待與檢討，然而仔細分析起來還是有幾個問題必須要加以釐清釋疑：
一、「敦睦遠航主要是海軍官校的畢業生跟政戰學院的畢業生，他們藉著這次遠航的訓練，要把課堂所學的理論與實務互相結合，然後要做合格簽證」，這個目的雖然合理正當，也有其必要性，但卻顯然過度輕忽新冠肺炎疫情擴散感染的機率，尤其是當時停靠日本橫濱港的鑽石公主號郵輪群聚染疫情況已經明顯嚴峻，在2月19日3011人的病毒檢查結果中，確認陽性者，為621人，比率高達約20％，在3月3日統計，船上確定有706人染疫，7名乘客死亡，而根據敦睦艦隊航行的時間軸來看，是2月20日由國防部長核定海軍所呈報的計畫，3月5日艦隊才由左營出航，3月12日抵達帛琉並進行訪問活動，可以得知，縱使在2月20日台灣內部的疫情還僅20多個個案的情況下，因為已有鑽石公主號郵輪大量群聚染疫事件的爆發警訊，且在出發前兩天就已有7人死亡的案件發生的情況下，國防部並未「及時」重新評估判斷出航的必要性及做好防疫的可能準備，而且可能在此期間都未曾與防疫指揮官陳時中開會商量是否要「中止或變更」遠航的計畫？ （相關報導： 陳淞山觀點：「小總統」蔡英文碰上政治失控的蘇貞昌 ｜ 更多文章 ）
二、「透過長航訓練，我同時要藉這個機會，因應敵情威脅的升高，諸如護航通道的開闢，如何去海上航行訓練中心驗證，以及海上的戰略補給線，如何做好戰場經營」，這個目的看起來是遠航訓練的必要性任務，表面上看起來理由相當地堅強，然而，是否跟王定宇立委爆料的「機密行程」有關？雖然不得而知，但從記者會上國防部嚴部長公開證實，中共遼寧艦於4月12日通過巴士海峽，因此在參謀總部的指揮下，必須要有應對，因此派敦睦艦隊2艘作戰艦監控。於此可以得知，4月9日已返航停靠在左營軍港的敦睦艦隊是有進行對12日通過巴士海峽的中共遼寧艦「監控」，但這是臨時加入的意外任務，跟原有的遠航訓練根本扯不上直接的關連或關係，真正的「機密行程」應該是3月15日從帛琉返航後，直到4月9日抵達左營之間共約25日時間，扣掉7天的正常航程外，究竟做過什麼樣的長航訓練或「機密行程」？是外界媒體有人揣測的與後來爆發染病疫情的美國「羅斯福號」航空母艦戰鬥群有過「密切接觸」或「共同演訓」的合作嗎？這是否就是敦睦艦隊「磐石艦」官兵染疫的可能原因呢？
