簡又文是首先利用西文資料以研究太平天國的中國學者。他從太平天國時期出版的英文報紙雜誌，如《華北先驅周刊》（North China Herald）和其他出版物中蒐集了許多資料，加以翻譯利用，大大開闊了史學界對太平天國的認識。他反對用階級鬥爭觀點研究太平天國，否認太平天國的農民革命性質。他對太平天國極抱同情態度，認為太平天國是民族革命運動，兼有宗教革命和政治革命的意義，其目標是要改革一切傳統的舊制度，並認為這樣的大計畫不特為中國歷史所未見，即在世界歷史中亦佔重要而光榮之一章。
簡又文在太平天國史除了有中英文專書多部外，還有論文數十篇，而晚年諸多文章散見於《大陸雜誌》、《思想與時代》等刊物，並未結集成書。其中僅《太平天國與中國文化》小冊於一九六八年由香港南天書業印行過，但市面上亦是難尋。而〈五十年來太平天國史之研究〉七萬言，原載於一九六四年《香港大學五十周年論文集》中，是有關太平天國研究的研究，誠如他所說：「茲篇之作，是要將數十年來海內外學人辛勤努力研究太平天國史之成績，分期摘要舉列出來，試作一次總結算。因篇幅關係，不能一一作詳細之述評，惟其有特殊貢獻或比較重要者，則為之表彰或敍述出來。此是一種『文獻學』（或『歷史學』），亦可作此一專門歷史的歷史讀也。」
他如，因為太平天國忠王李秀成的親筆供辭手稿本的影印出版，簡又文特別寫了〈忠王親筆供辭考誤〉、〈忠王親筆供辭之初步研究〉、〈關於忠王親筆供辭〉、〈也談李秀成──李秀成伏誅之謎讀後〉幾篇相當重要的文章，有很多精彩的新發現，甚至推翻前人的說法。當年曾國藩之殺李秀成事先並沒有得到清廷的同意，曾氏兄弟為了某些私下的顧忌，擅自處決了李秀成。曾國藩為了平息當時外界各種不利於己的謠諑，將李秀成的親筆供辭刪定並找人繕寫。《曾文正公日記》七月初七日謂：「將李秀成之供，分作八九人繕寫，共寫一百三十葉，每葉二百一十六字，裝成一本，點句畫段，並用紅紙簽分段落，封送軍機處備查。」，此稱為《李秀成自述》「摺進本」。同時在七月十一日，也就是李秀成被殺後的第五日，曾國藩以「摺進本」寄往安慶，著其子曾紀澤立即刊刻發行，此稱為《李秀成自述》「安慶本」。李鴻章在同年八月十七日在蘇州已得見「安慶本」。它與「摺進本」是否全同，抑又有所刪改，學者楊家駱認為以「摺進本」至今尚未在故宮檔案中發現，因此無從懸揣。但「安慶本」有曾國藩的批記曰：「以上皆李秀成在囚籠中親筆所寫，自六月二十七日至七月初六日，每日約寫七千字。其別字改之，其諛頌楚軍者刪之，閒言重複者刪之，其宛轉求生乞貸一命，請招降江西、湖北各賊以贖罪，言招降事宜有十要，言洪逆敗亡有十誤，亦均刪之，其餘雖文理不通，事實不符，概不刪改，以存其真。兩江總督曾批記。」曾國藩雖然把李秀成的手稿本請人謄寫後又刪改並刊刻了，但仍難杜眾人悠悠之口，各種謠言和揣測仍然不脛而走，人們並不相信他所刪去的僅僅是這些，而認為一定有某些不利於曾國藩及其所統湘軍的重要供證，被刪去了。於是陸陸續續出現了多達二十種不同的《李秀成自述》版本，其中亂刪妄增，任意竄改之處則更多。當年清史研究專家孟森（1868～1938）就曾經表示過：希望曾國藩後人「善彰世德」，把《李秀成自述》手稿本真跡公諸於世。但曾氏的後人並沒有接受此建議，而這份《李秀成自述》手稿本就轉入家府富厚堂藏書樓密藏，後來它被帶至臺灣，在曾國藩逝世九十週年的一九六二年，其曾孫曾約農才把這冊珍藏將近百年的手稿本拿出來，交與世界書局影印問世。
