給予國民黨50年統治台灣的權力，讓過去曾經接受毛澤東支持的黨外人士大感震驚。尤其是鄧小平甚至不惜讓國民黨保留軍隊的條件，更讓黨外人士感覺自己被中共「出賣」，從而走上了與中國共產黨對立，甚至於主張台灣獨立的道路。顯見今天台灣的統獨與藍綠之爭，始作俑者就來自於鄧小平在兩岸政策路線上的轉彎。
李遠哲曾當面告訴鄧小平：「台灣老百姓對於大陸來的這個統治階層是很不滿意的，反而對人民的中國懷有希望，但是後來人民的中國卻對國民黨說，愛國沒有先後，國民黨可以保有軍隊，完全忽略台灣人民仍是被壓迫的，人民政府似乎已忘了社會主義革命的目的，並沒有站在台灣人民這一邊，因此有些台灣人才會想要獨立，想與中國分離。」
鄧小平為了爭取蔣經國的認可，不惜得罪了本來與中共沒有仇恨，而且還彼此視對方為同志的台灣人，當然不會是沒有代價的。因為如果國民黨接受了鄧小平的提案，在「黨對黨協商」下完成兩岸統一，就會讓中共有向世人宣稱「民主制度不適合中國人」的道德基礎。畢竟兩岸都在一黨專制的條件下實現了經濟起飛與國家統一，還有哪個制度能比「開明專制」更適合中國人呢？
但是蔣經國並沒有上鄧小平的當，他不只拒絕了與大陸進行政治談判，還在1987年11月開放兩岸探親以前，宣佈開放黨禁與報禁。換言之，在允許台灣與大陸恢復交流以前，他已經開啟了台灣通往民主化道路的大門。透過將解決兩岸問題的權力交付給台澎金馬人民的方式，蔣經國成功破解調鄧小平利用黨對黨協商模式來維持中共永久統治大陸的佈局，也延續了中華民國的國運。
無論是國軍還是國民黨，對抗日戰爭的論述永遠只有一個，那就是蔣委員長領導的。這意味中共抗戰的那一分功績，是永遠不會得到台灣這裡的認可。
國民黨從未認可過共產黨
所以在台灣人與共產黨的選擇中，蔣經國最終義無反顧的選擇了前者，透過讓中華民國民主化來昇華中國國民黨。蔣經國定下來的這套遊戲規則，後來也為他的繼任者們所接受。無論是派出辜振甫到新加坡與汪道涵談判的李登輝，還是後來在新加坡與習近平見面的馬英九，都堅持兩岸只能夠以「中華民國政府」對「中華人民共和國政府」的政權對政權模式談判。
既然中共無法承認中華民國的存在，那麼就透過海基會與海協會這兩個白手套代表兩岸政權來接觸彼此。如果中共沒有辦法稱呼中華民國元首為總統，那麼兩岸領導人就互稱為「先生」吧。無論兩岸之間如何否定對方的官方頭銜，從「辜汪會談」到「馬習會」的所有接觸都是在政權對政權的條件下完成的。汪道涵與馬英九代表的都不只是中國國民黨，而是台澎金馬的2,300萬同胞。
