但最令人髮指的，就是屠殺異教徒，手段殘暴，他們圍困伊拉克庫爾德族少數教派「亞茲迪」人，令這個族群面臨滅族的命運；又迫害基督徒，導致嚴重人道災難。
在零三年伊戰之前，伊拉克境內的基督徒，與敘利亞的基督徒一樣，雖然屬少數，但與當地的伊斯蘭教徒一直相安無事，但戰爭引發各宗教教派之間的仇恨，基督徒遂成為內戰的犧牲品。早於兩年前敘利亞出現反政府示威，後來演變成教派衝突甚至內戰，當地基督徒曾表示支持敘利亞政府，結果給反對派中的極端伊斯蘭主義者迫害。
據救援組織Barnabas Aid的報道，單在敘利亞荷馬城，已有二百名基督徒被屠殺，百分之九十基督徒被迫離開家園。現在伊拉克亦如是，ISIS排斥異己，以往基督徒與伊斯蘭教徒的融洽相處景象，不復存在。
ISIS對其他教派的殘害，和對伊拉克政府及美國利益的威脅，已到了臨界點。美國總統奧巴馬日前終於派出無人戰機，空襲ISIS據點，這是美國自二零一一年撤出伊拉克後，第一次在當地的軍事行動，名義是拯救「亞茲迪」人，以及阻止ISIS繼續進迫。不過，最重要還是保護當地美國外交人員。但，空襲可以解決問題嗎？連奧巴馬自己也不相信。諷刺的是，ISIS的崛起，正是由於零三年一場戰爭，美國追殺遜尼派所致。
ISIS曾與「基地」合作，當中成員有不少是已故前總統薩旦姆政權，和社會復興黨殘餘的黨羽。他們可以說是伊拉克戰爭的產品，還有借敘利亞內戰乘勢而起。
美國於零三年開戰時，在伊拉克的策略，就是扶一派打一派，即是利用什葉派，全力打擊遜尼派，清剿薩旦姆殘餘勢力，這又給與了阿蓋達組織有機可乘，與當地遜尼派合謀推翻他們眼中的「十字軍」。
無論如何，美國對伊拉克開戰的不正當性，引發當地不斷的衝突，而且煽動不同派系，互相傾軋，弄到今天的狀況，美國有無可推卸的責任。除了什葉派和遜尼派之間的衝突之外，庫爾德族人因當年支持美國入侵，又成為遜尼派激進組織眼中的敵人。
庫爾德族人一直尋求獨立，過去在薩旦姆統治下慘被屠殺。根據美國權威雜誌《紐約客》的報道，在零三年開戰之前，美國聯同以色列，曾給予庫爾德人建國的幻想，以換取庫爾德族對戰爭的支持。在美以的扶助下，庫爾德自治區成為親美以並作為這兩國的情報中心，擁有軍事實力，政治權力和資金，曾一度成為伊拉克最安全和富足的地方。但美國又利用該自治區，來作為對付伊朗和敘利亞前沿之地，令表面的安定埋下隱憂。
就在三年前，敘利亞反對陣營的遜尼派借「阿拉伯之春」起義，有消息指出，他們獲科威特、卡塔爾和沙烏地阿拉伯暗中資助，遜尼派得以重整勢力，而且愈戰愈勇猛和愈激進，ISIS應運而生，這個組織可以說是武裝遜尼派基本教義者聯盟，他們企圖征服敘利亞和伊拉克地區，再向外擴張，建立以遜尼派為主的大伊斯蘭國，庫爾德自治區首當其衝，從此不得安寧。
