食安風暴衝擊國民黨年底選情，為展現整頓食安決心，行政院於22日成立食品安全辦公室，並由國安局成立食安「預警會報」，擴大食安情資蒐集。據指出，行政院原本並無成立食安辦的計畫，但府方眼看食安風暴延燒，而政院卻無法止血，在國安會決策下，決定成立食安辦，「希望能在月底前止血」。
從9月的強冠餿水油，到10月頂新的飼料油事件，民眾對台灣的食安信心徹底崩盤。知情人士表示，發生食安問題以來，國民黨選情受嚴重影響，各縣市黨部輔選系統紛紛反映，要求政府盡速解決，希望前頂新董事長魏應充盡快被起訴，「行政院已經要求速戰速決」，盼食安風暴快結束，以降低對選情的衝擊。
該位人士說，地方黨部最近頻頻向黨中央反映食安風暴影響選情，雖然在民調上無法看出影響多大，但民眾反應普遍不好，而選舉看的是最後30、40天，「此時進入肉搏戰，食安風暴若不能盡快止血，勢必衝擊選舉結果」。他認為，死忠支持者不會受影響，但中間選民會有影響，日前台中市就反應「壓力很大」。
地方選情告急，也迫使總統馬英九站上第一線，兩度召開國安高層會議。黨政人士說，行政院長江宜樺原先認為，透過行政院食安會報機制就可以處理食安問題，沒有必要再另外成立一個專責機構；不過，國安會則認為，必須讓民眾感受到政府的決心，因此決定成立食安辦公室，並擴大食安情蒐，希望化危機為轉機。
法界質疑：行政院權力被剝奪 成國安會卒子
府方人士則說，食安問題讓民眾陷入恐慌，政府必須拿出強力作為安定民心，成立食安辦是馬總統和江揆充分討論後的結果，馬總統並請國安會全力協助食安辦，因此才由國安局統合調查局、警政署、海巡署、移民署、憲兵指揮部，成立「預警會報」，擴大蒐集食安情資，展現政府維護食品安全的決心。
不過，對於馬總統針對食安問題召開國安高層會議，法界認為有違憲疑慮。桃園地方法院法官錢建榮指出，根據憲法增修條文，總統職權為外交兩岸，內政是行政院長職權，食安是內政問題，總統不應該插手。至於國安會決定成立食安辦，錢建榮認為，這是把行政院當成是國安會的卒子，透過國安會做此決策，等於把行政院權力剝奪，下次有類似事件是否都要送國安會決定？
對於外界質疑食安辦沒有能力指揮各部會，行政院發言人孫立群表示，食安辦的功能有點像政務委員，是常設的辦公室，編制有20多人，在資料收集等各方面不會有疏漏，過去只有1個政務委員督導食安業務，時間和資源都很有限，現在有食安辦，可以專責處理食安問題，「這應該是江揆和馬總統討論後的共識」。
