就在台北地檢署針對MG149帳戶案赴台大醫院調閱辦公室內相關檔案卷證和電腦之際，在9月25日同一天，高雄地檢署也就氣爆案傳喚高雄市長陳菊，北高同步，時機湊巧，無黨籍台北市長參選人柯文哲團隊因此成立了專案小組，由律師顧立雄領軍，嚴陣以待後續的司法偵辦動作。初步研判，私帳部分可能出現作業「瑕疵」，對於柯文哲率領團隊一起出國的食宿、演講、操作設備、技術指導等由廠商支付的專題演講費用，過去柯文哲均是告知廠商直接匯至MG149帳戶的私帳專戶中，提供團隊成員使用，他個人並不經手，因此該部分款項極可能有「短報收入」的報稅問題。
柯P辦公室團隊研判，柯文哲在選前遭檢方傳喚已是必然的事，但是以證人還是被告身分傳訊，最後案件會如民進黨主席蔡英文2012年總統大選前的宇昌案直至選後才簽結，還是檢方急於選前起訴，任何司法動作在年底選前均極為敏感，柯P陣營不敢輕忽。
不過，法界人士私下指出，距離年底直轄市長選舉只剩下2個月，10日才按鈴申告的案子，且是與選舉有關的高度政治性案件，才過了1個星期，檢方就展開一連串偵辦動作，確實是「急了點」，不過目前檢方先以「他字案」傳訊證人了解案情，亦以調閱方式取得MG149帳戶資料，而非直接以偵字案搜索，動作還算自制。
私帳來源包含互助金、演講費、操作費
MG149帳戶內的「私帳」目前是以帳戶的業務經辦人、醫務秘書劉如意負責，因此亦以劉如意個人名義開戶，至9月1日為止，MG149帳戶內的「私帳」部分還結餘8萬9千元，過去該帳戶款項最高時曾一度達150餘萬元，由於私帳的款項屬於專戶團隊成員的「互助金」性質，目前團隊成員或每人每月繳交4千元、1千元不等款項，該部分每月固定有100800元的互助金收入。此外，有團隊成員的演講費亦納入其中，如蔡壁如在9月中旬赴北京演講，獲得人民幣4千元的演講費，亦是直接匯入該私帳帳戶，供團隊成員運用；還有柯文哲率領葉克膜團隊出國演講的講師費、技術指導、操作費用等，一次20萬元，柯文哲亦是告知邀請廠商直接將錢匯入MG149專戶內的「私帳」帳戶中；又如有宗教團體邀請他演講，演講費用亦是請邀請團隊直接匯款。
據柯P辦公室代為清查，柯文哲以葉克膜團隊名義赴中國演講、操作，共計17次，近年來則多赴東南亞，甚至歐洲、美國就葉克膜操作專題演講，估計由廠商或邀請演講而匯入該私帳帳戶的款項約為300餘萬元，不過自柯文哲宣布參選台北市長後，該私帳帳戶收入明顯銳減，因此柯文哲才會想要在台北市長選後，將選票補助款的3分之1捐回台大醫院MG149帳戶內，就是為了再供團隊成員研究之用。
但知情人士也指出，因這些款項柯文哲均是告知邀請方直接匯款私帳的帳戶中，直接供團隊成員運用，由劉如意和蔡壁如調配，他個人並不經手，也從未進入他私人口袋，因此柯文哲不曾將該部分款項視為其個人所得，也從未想過這部分款項有個人收入的報稅問題，因此該部分極可能成為被檢方盯上的私帳瑕疵。
