1962年（民國51年）9月，「兵工工程學院」再改名為「陸軍理工學院」，直屬於陸軍總部。原有的初級技術人員訓練班、兵工勤務班、化學兵訓練班及軍械人員訓練班等班隊隨「兵工學校」遷往臺北市中正區信義路一段，至此院校分制，之後經幾度遷移與組織調整，目前已改制為「陸軍後勤訓練中心」（註二十）。
「陸軍理工學院」則於1966年（民國55年），奉令改隸國防部，並改名為「中正理工學院」。1968年（民國57年），配合國軍軍事教育體制改革，合併「海軍工程學院（前身為民國36於上海高昌廟成立之「海軍機械學校」，如附註說明1）」及「聯勤測量學校（前身為1904年於北京設立之「測繪學堂」，如附註說明2）」，年底遷入桃園市大溪區（員樹林）石園路75號（另名為「中正嶺」）。2000年（民國89年）奉命併入國防大學，更名為「國防大學中正理工學院」。2006年（民國95年）11月1日，配合軍事院校整併案，中文校名再次更名為「國防大學理工學院」，所屬校區改為中正嶺校區。
另外部分留在大陸的畢業生如任新民（1915～2017，兵工學校第五期校友，美國密西根大學工程力學博士，曾任液體推進燃料火箭引擎總設計師、通信衛星計畫總工程師）、謝光選（1922～2016，大陸第一枚自行設計的中近程導彈總體主任設計師）等人不但獲選為大陸的中科院院士，對於大陸發展太空與導彈科技均有重大貢獻。國府遷臺後，中共華東軍區三野司令員陳毅（1901～1972）委派原「兵工工程學院」教授張述祖（1900～1973，東南大學物理系畢、柏林大學物理和彈道雙料博士），聯絡招集仍滯留於京滬一帶兵工學院教授及校友二十餘人，成立「華東軍區司令部（軍事）科學研究室」。但韓戰初期的慘痛經驗──單計在1951年6月前，已造成577,000多名解放軍的傷亡，朝鮮戰場已名符其實的成為解放軍的「絞肉機」。這逼的解放軍不得不認真的思考──技術與後勤現代化的問題，尤其是亟需培養大批的軍事技術幹部。1952年6月23日下午，毛澤東、周恩來、朱德、彭德懷在中南海懷仁堂接見剛從朝鮮戰場調回來的志願軍司令員陳賡。陳賡說：「我們是用手榴彈打敵人的榴彈砲，用炸藥包打敵人的坦克車，用繳獲日本鬼子的『三八式』，把美國鬼子趕回『三八線』。如果我們也有飛機、大砲、坦克車，用不了幾個月時間，也不用付出這麼大的代價就能把美國鬼子趕到大海裡去。」為了解決技術落後的問題，建設現代化的軍隊，毛澤東提出有必要建立一所全新的「高等軍事工程技術學院」，由陳賡負責籌建並擔任院長兼政委（註二十一）。陳毅於是將「華東（軍區）司令部（軍事）科學研究室」的教授專家，撥歸陳賡，在北京成立「軍事工程學院」籌備會。8月底，中央軍委副主席、主持軍委日常工作的彭德懷（1898～1974）在北京聽取了蘇聯專家的匯報和建議：「限於目前的技術力量，只能辦一所綜合性的軍事工程學院，學院按軍兵種設5個系，即──空軍工程系（一系）、砲兵工程系（二系）、海軍工程系（三系）、裝甲兵工程系（四系）、工程兵工程系（五系）…哈爾濱遠離前線，最合適作學院校址，它不僅有飛機、坦克工廠，而且有一所辦得相當好的工業大學，便於開展協作；哈爾濱醫科大學的校舍，可以作為學院暫時的『依托』……」（註二十二）
