在花蓮時期的「兵工工程學院」，下設──造兵（機械）、化學（工程）、戰車三個學系，學制上完全依照美國大學學制，學生在學5年，入學前必須先接受半年的入伍訓練，之後才回到學校上課。一、二年級的課程為一般大學理工基礎課程，三、四年級為專業課程的研修，主要著重於兵器與火藥的設計與製造，最後半年則為工廠實習，訓練成為既能動腦又能動手的「戰爭」工程師（註十四）。遷校初期，由於缺乏師資，因此大部分教授均由──臺灣大學與臺灣省立工學院（國立成功大學前身）聘請來的。特殊的是，當時「兵工工程學院」的學生雖然在校修習時間長達5年，但受到原有《大學法》的限制，因此畢業時並未授予學士學位。不過當時「兵工工程學院」將火箭學與彈道學列為重點的專業課目，是領先世界的創舉。曾參加美國「阿波羅太空計畫（Project Apollo）」的著名航太專家──劉漢壽博士，就畢業於「兵工工程學院」工程學院第十四期，在他的回憶錄──《從失學少年到太空科學家——劉漢壽回憶錄（秀威資訊／2010.05出版）》中指出：「當年在全美國的大專院校中，找不到任何有關火箭及彈道之課目。但兵工學院則將火箭學及彈道學列為重點的專業課程。美俄太空競賽開始，美國求才若渴，不能不理聘一位當年出身於中國兵工學院的火箭專家兼彈道學者。此一特殊的時代背景，使我應運中選，以後我也能把握此一史無前例的機會，幫助美國，用火箭發射載人衛星，循軌道登陸月球後，而又能循軌道安返地面」。所以劉漢壽先生就曾這麼驕傲的說──「如果沒有柏林大學、麻省理工學院、加州理工學院和兵工工程學院，人類首次登陸月球，可能不會如此順利。」另外當年每一個畢業生在畢業時都必須完成一篇論文才能順利畢業授階，因此課業壓力相當繁重（註十五）。
後因花蓮地震頻繁，導致學校損失慘重。尤其發生在1951年（民國40年）10月～12月的「花東縱谷系列地震（又稱為：「花蓮大地震」）」，幾乎將兵工學校校舍夷為平地。整個地震期間，臺灣省氣象所（今交通部中央氣象局）共記錄了3,037個地震，其中735個為有感地震、4個震度大於7的強烈地震，共造成85人死亡，200人重傷，1,000多人受到輕傷。地震範圍分佈長達100多公里，同時引發米崙、玉里和池上三處斷層的錯動（註十六）。因此在隔年（1952年／民國41年）政府緊急將「兵工工程學院」遷至臺北市新生南路三段（今大安區行政院人事行政總處公務人力發展學院附近）。並將軍官訓練班改編為兵工勤務專修班、化學兵組改組為化學兵專修班、戰車工程學系改為車輛工程學系、兵工保養人員訓練班改為兵工勤務班，開辦兵工軍官初級班及預備軍官訓練班，教育内容含括兵工裝備保養、補給之作業技能，連、營級戰術課程，培養連級兵工幹部（註十七）。總計在花蓮完成──第13、14、15三期學生之學業。1955年（民國44年）7月化學兵專修班改為化學兵訓練班（即化學兵學校之前身），直隸聯勤總部（註十八）。9月，「兵工工程學院」奉令改隸於陸軍供應司令部兵工署，並更名為「陸軍供應司令部兵工學校」（註十九）。
