成為軍政部兵工專門學校
國民政府完成北伐遷都南京後，在1932年（民國21年）9月將學校遷至南京中華門外金陵兵工廠旁，改名為「軍政部兵工專門學校」，並定9月20日為校慶日，仍舊招收──造兵與應用化學兩科，由畢業於日本帝國大學冶金科的許徵（1888～1969）出任校長，同時取消教育長的編制，增設教務處，由韓祖堃擔任教務主任。1933年（民國22年）1月17日，俞大維接任兵工署長後，對於兵工人才的培育更加重視，因此從第四、五期開始，招收一般大學理工學系唸完大二所有學分之優秀學生為正科生，在校只須就讀3年專業科目成績及格就能畢業。自第六期以後又恢復招收一般（新制）高中畢業生。1934年（民國23年）9月李待琛（1891～1959，東京帝國大學造兵科畢、哈佛大學冶金學博士，曾任湖南大學校長）接任校長。也是從這年開始，國府為加速培養各部隊及廠庫之軍械專門人才，在「軍政部兵工專門學校」內增設了「軍械技術班」，招收高中畢業生，施以三年之專技訓練，至抗戰爆發，共招收三期，訓練畢業生136名（註八）。1937年（民國26年）7月7日，日本全面侵華。8月由梁強接任校長，學校先奉命搬遷到湖南株州，1938年（民國27年）1月再遷至重慶，最初暫駐於市區通遠門之至聖宮，不久再遷至市郊沙坪壩後山區小楊公橋董家院，與暫遷至此的－－中央大學、重慶大學等校為鄰。1939年（民國28年）更名為「兵工專門學校」。1941年（民國30年）1月，知名物理學家方光圻接任校長，並奉命更名為「軍政部兵工學校」，校本部改稱為「大學部」，其原屬之「軍械技術班」則改稱為「專科部」，同時開設－－大學練習技術補習班、特別訓練班、初級技術員訓練班等技術班次（註九）。
從南京搬遷至臺灣花蓮
抗戰勝利後，「兵工專門學校」改校名為「兵工工程學院」，不久遷回南京原校區。1946年（民國35年）9月，更名為──「聯合勤務總司令部兵工專門學校」。1947年（民國36年）5月，東遷上海吳淞，修改編制，擴大兵工範圍，包括──設計、製造、保養、補給等部門，10月，再改名為──「兵工專門學校」（註十）。1948年（民國37年），國府將「陸軍機械化學校」（註十一）內之「戰車工程學院」，併入「兵工專門學校」，之後將原來之大學部改名為「兵工工程學院」，設造兵、化工及戰車等三個學系，並附設立－－兵工勤務組、化學兵訓練班及軍官訓練班，以培養兵工技術勤務與化學兵幹部（註十二）。同年，「兵工工程學院」招考第十四期新生，分──北平、上海、南京、重慶、武漢、廣州等六大考區同時進行考選學生的作業，最後錄取新生307人。國共內戰末期的1949年（民國38年）1月16日，「兵工工程學院」奉命遷至臺灣省花蓮市，總計在大陸時期，畢業校友約617人（截至1948年／民國37年），後隨政府遷來臺灣，在軍中服務晉升至少將官階（將官）以上者達20人（註十三）。
