一八九八年美國速戰速決打敗沒落的西班牙帝國，而在無意間成為菲律賓的宗主國。這場戰爭發生在加勒比海，美國拿下古巴與波多黎各。亦受西班牙統治的菲律賓提出投降書，確立美國成為太平洋強國。美國決定占據古巴，是因為三年多來當地遊擊隊動亂干擾了貿易，尤其是砂糖。其中也有政治壓力的因素，因為西班牙殖民政府的種種暴行。美國迅速戰勝，對古老的歐洲秩序構成重大打擊，而取得菲律賓所有權，亦使得美國意外成為太平洋強權。美西戰爭、干預古巴及拿下菲律賓，象徵著美國展開一項涉及貿易與人權的意識型態使命，而這項使命迄今仍構成美國外交政策的骨幹。
西班牙統治菲律賓達三百多年，由一五二一到一八九八年，美國總統麥金利（William McKinley）當時的想法透露出他的猶豫不決，以及他不知道該如何處置菲律賓。他的結論是他無法為殖民提出辯駁；但他指稱美國國旗在外國飄揚不是為了爭奪更多領土，而是「人道因素」。
「當我知道菲律賓自己送上門來，坦白說我不知道該拿他們怎麼辦。」麥金利在一次雜誌訪談中表示。
在一個深夜，我突然想到。其一，我們不能把他們（菲律賓）還給西班牙。那樣太怯懦、不光榮。其二，我們不能把他們交給法國和德國，我們在東方的商業對手。那樣不划算、沒臉子。其三，我們不能任他們自生自滅。他們不適合自治，很快便會陷入無政府及暴政，比西班牙戰爭還要嚴重，其四，我們別無選擇，只能接管他們，教育菲律賓人，提升、教導他們成為基督徒，蒙上帝恩典，我們儘量善待他們，如同基督代為受死的同胞。
值得一書的是，早在小布希總統（George W. Bush）下令攻打伊拉克的一百多年前，其前任者便明白，不論有多麼高尚的道德目的，太快解放一個國家將招徠危險。
麥金利亦面對持續不斷的伊斯蘭教動亂。美國於一八九九年接管時，便與摩洛人（Moro）發生戰鬥，他們驍勇善戰，美國只得請土耳其鄂圖曼帝國（Ottoman）代為談和。可是，頑強的摩洛人甚至不理會強大的鄂圖曼。這場戰爭打了十四年，直到一九一三年。美國死亡人數不及一千人。摩洛人傷亡則較為慘重，因為他們不願意投降。另一場摩洛戰爭從一九七二年持續到一九八六年，在一九七○年代中期戰事最熾烈時期，八成的菲國軍隊動員投入於對抗三萬多名摩洛戰士。傷亡人數超逾五萬人。
菲國南部的摩洛地區始終沒有真正的和平。除了舊有的摩洛團體數世紀來對抗西班牙人、美國人和他們自己的政府，還有受到中東伊斯蘭國（ISIS）和基地組織（Al Qaeda）鼓動的新團體。二○一七年，伊斯蘭國資助與支持的團體與菲國部隊戰鬥，攻占南部的馬拉維市（Marawi），由二○一七年五月到七月，促使杜特蒂總統在該地區宣布戒嚴法。
