馬英九總統9日簽准中研院長翁啟惠於三月底的辭呈，中研院「自由學社」成員10日發出聲明譴責，並呼籲三位副院長應同步請辭，以下是聲明全文：
昨天馬總統於卸任在即之前，突然將中央研究院的翁啓惠院長解職，並表示將面談中研院評議會送出的三位候選人，此決定實令人錯愕。關於中研院長之產生，中研院研究人員組成之「自由學社」有下列三點意見：
1. 看守期總統不應做重大人事決定，造成法規疑慮。馬總統一個多月前原已對外表示批示慰留翁啟惠院長的辭呈，可以他日改批為准辭嗎？那有什麼公文是不能批完再改的？另外，指派一位副院長代理，也違反研究院的法規。根據中央研究院組織法，副院長由院長遴選，併同其任期，副院長任期不得跨越院長任期。馬總統在卸任前九日突然將翁院長解職，不但觸犯了看守政權不當決定重大人事的禁忌，也打亂了中央研究院的法治體系。
2. 即將卸任之總統不應任命下屆中研院院長。中央研究院乃我國最高學術研究機構，有別於政府行政單位，其院長任命也與五院院長的政治性質有所差異，需尊重學術自治的精神。是以中研院評議會就遴選候選人之學術成就、經歷和理念，投票排序之名單，總統應予尊重。在卸任倒數計時之際馬總統突然表示將面談三位候選人並圈選，不但是重大人事決定，並誤將學術首長當成政治首長，極不恰當。
3. 中央研究院之主體是院內研究人員，不在研究院任職的院士為名譽職，僅兩年召開一次院士會議。日前一些院士主張院長應該僅由院士們投票，或要求總統退回評議會送出之名單，我們並不認同。中研院組織法現行規定，由院長副院長與各所所長等當然評議員，加上院士們選出之聘任評議員所組成之評議會，以間接選舉的方式選院長，雖不完美，但比前述院士的主張要符合學術自主，民主治理的精神。 （相關報導： 盼馬總統澄清遴選過程 廖俊智：願回台與馬總統面談 ｜ 更多文章 ）
我們除了在此譴責馬總統粗暴之作為，僅剩幾日之看守期不應僭越，也呼籲三位副院長應該遵守研究院的法規，同時請辭。此外也請新政府上台後依循慣例尊重中研院評議會之投票結果，任命新院長。這才是符合民主原則與學術自治精神的做法。
