近期中選會拒收以核養綠公投案的補件，引發核能謠言終結者聊天室創辦人及以核養綠公投案領銜人黃士修先生（以下簡稱：土條），在中選會外絕食靜坐抗議一百四十小時，指謫中選會的拒收，於法無據。而也在黃士修在9月19日因心跳過高而被志工強制送醫之日，剛好有賴正義先生之報紙投書，其標題名為《連署書分次提…總統選舉可以，公投不行？》引發各界討論，並以此質問中選會，似有希望公投亦可適用總統副總統選罷法相關規定之構想（「任何法規難免有百密一疏之處，公投法循例於第一條載明，該法未規定者適用其他法律之規定。對於前述公投案所出現的爭議，總統副總統選罷法的相關規定是否適用，尚請雙方斟酌。」）
依據「總統副總統選舉連署及查核辦法（以下簡稱：總統連署辦法）」，於其「附式三總統副總統選舉連署書件提出函.DOC」有出現「分次提出」之用語（「三、連署書件得分次提出；分次提出者，編號應接續上次提出之末號連續編號。」）。以核養綠公投支持者以此為由，主張公投也應適用，故當然應准許土條的第二次送件。
本規定反肯定中選會之立場
讀者看到這裡，想必會覺得非常奇怪，明明上述總統連署辦法之規定，係否定中選會向來主張之不能「第二次送件」、「補提」見解，莫非本文標題寫錯？
沒錯！大家並沒有看錯！且聽本文一一道來。
首先，涉及法律適用的問題。總統連署辦法是總統副總統選舉罷免法的子法，當然不可能因為公投法第一條之規定（「本法未規定者，適用其他法律之規定。」）而得以適用。
其次，總統連署辦法在連署書件提出函中，有明確出現「分次提出」之用語，故當然可分次提出。但在目前公投連署文件中並未出現這四個字，顯見必須法有明文，方可分次提出。中選會才不管是否是因為自己的疏失，連抄襲自己主管的總統副總統連署事務的相關法規都漏抄，沒有，就是沒有吧！既然我中選會在公投的相關文件，沒有放入這四個字，大家也都明知，怎麼可能會有事用空間呢？
為了杜絕爭議，未來中選會應會考慮在制訂「公民投票連署及查核辦法」之過程中，或許會再來跟民眾討論，是要明確列舉「三、連署書見不得分次提出」，以免讓民眾有錯誤的期待。
最後，必須強調「總統連署辦法」雖有明確規範，但畢竟公投法與其性質並不相同，無法直接適用。通常透過連署選總統的人，通常不會選上，自然讓他們補件並無妨；公投案可是有高度可能會讓既定的政策翻盤，補件會增加風險，本質上有重大的差異。不同事務應為不同處理，這是符合行政法原則，刁民不要再爭執。中選會身為選舉公投主管機關，對此有完整的詮釋權，大家要尊重中選會的判斷。
分次收件，違反平等原則
除了前述理由外，中選會在9月18日發函針對土條之主張，以下列公文拒絕「第二次送件」或「補提」。
在該函，強調若給以核養綠公投二次收件機會，就是構成憲法第七條、行政程序法第六條之差別待遇（「在無法律授權時，本會不得擅自給予某項公民投票提案優惠，以兔紙觸法治國家最基本的法律保留原則。」） （相關報導： 吳威志觀點：是中選會行政不法？以核養綠補件並無違法！ ｜ 更多文章 ）
此外，中選會並沒有針對《王瀚興觀點：中選會拒絕收件就是違法！何苦揮舞路易十六的武器》當中提到的違反《行政程序法第8條前段》：「行政行為，應以誠實信用方法為之…」加以回應。
