全國能源會議全體大會27日下午針對最具爭議的「供給穩定能源」議題討論因應對策，由於此議題涉及敏感的核能及再生能源議題，整場會議擁核、反核人士各執一詞互相嗆聲，更針對「核廢料放誰家」相互提出方案，爭執了十幾分鐘之久，現場人士也說「這份報告傳出去會貽笑大方」。
此會議前半段討論再生能源時尚稱平和，當討論到最具爭議的核能議題時場面開始失控。立委田秋堇先說大會提供的背景資料有誤，表示自己昨天（26日）曾多次提醒大會都不予理會，將導致依據背景資料提供的因應對策有誤；鹽寮反核自救會總幹事楊木火甚至下跪表達不滿。承辦人員強調此背景資料自去年9月即於網上廣徵各界意見，講求讓各界公平表達，原能會主委蔡春鴻則強調原能會絕無散布不實資訊。
而後核災及核廢料的問題引發反核擁核雙方互嗆。田秋堇認為核災並非假設性問題，至今仍有10萬名福島核災居民無法回到原居住地，認為應根據〈國際核能事件分級表〉制定因應策略並持續監測核電廠；核能流言終結者成員黃士修則說國際間從來沒有類似作法，並嗆跟田秋堇「沒有在同一個知識基礎上」根本談不下去。
隨後核廢料處置又是另一難題，針對田秋堇提出的「核廢料無解」主張，黃士修強調核能是各種發電方式中產生廢料體積最小的，只要好好管控就不會影響生物圈，並要反核人士提出核廢料造成人體傷害的證據。田秋堇則說，按照此邏輯，支持者有義務優先承擔核廢料之處理責任，故應通過她先前提案的「核廢料應優先放置於支持核電者之住家」。
對此發言，國政基金會助理研究員唐慧琳要求應加上「反對核電者缺電時應優先停電，且應優先承擔其他發電方式之廢棄物」，黃士修則要求於田秋堇的提案多加一條「核廢料於紀錄上完全有解」，而日山能源科技有限公司董事長林山城要求加一條「將核廢料處理工程全部發包給這4位（指黃士修等）」並要大家鼓掌通過，隨後唐慧琳提議再加一條「太陽能板生產過程產生之廢料優先放置於支持使用太陽能發電者」。
眼看著能源會議逐漸淪為擁核反核者大亂鬥，台電董事李敏則勸說「不要生出一份充滿意氣之爭的報告」。也有學者表示這樣的報告流出去將貽笑大方，成為國際笑柄，不過田秋堇仍堅持將意見保留在「其他意見」中，而黃士修則表明願意具名以示負責。
