國民黨經歷2次大敗，行政部門2次改組，作為與評價卻是大不同。事實上，國民黨高層與國民黨立委不滿行政部門早已不是頭一遭，也不是個案。知情人士透露，馬英九總統對毛治國任內的行政部門表現也頗有微詞。
高層將矛頭指向「學界來的政務官」
2015年8月，反課綱學生因為課綱問題佔領教育部，國民黨立委在黨團大會上力挺吳思華，要吳挺住不能被逼退，未料，吳思華卻在會議結束前，脫口說出會負起行政責任，應邀列席的國民黨秘書長李四川當場要吳思華把話收回，不准說辭職。
據了解，這場看似「藍營行政、立法大團結」的黨團大會，除了營造藍營團結一致對外的氣氛之外，主要目的是希望行政部門自己要挺住，不要再讓火燒到立法院來，影響國民黨立委選情。
知情人士說，李四川要吳思華把話收回，除了要行政部門挺住之外，也是透露出對行政部門的不滿，認為國民黨從學界找來的政務官，很多遇到爭議時不思解決方法，往往展現出「老子不幹了」的態度，久了之後就讓民眾對國民黨引發反感，難怪會打從心裡反政府。
毛治國內閣保守、不配合 讓黨很不爽
國民黨2014年在9合1選舉大敗後，當時的行政院長江宜樺請辭，改由副院長毛治國組閣，原期望借重毛治國的穩健，可以穩住行政部門。知情人士說，國民黨需要大開大闔的施政，喚回民眾的認同，但毛治國太過保守，在很多政策上的態度猶豫不決，馬總統有一些想法也不被毛治國接受，馬毛關係生變的消息不脛而走。
這次總統與立委選舉，行政院消極不配合黨與立委，也讓國民黨高層與立委十分不滿。黨務高層說，透過黨政平台反應，行政部門幾乎都不接受，常常跟行政部門要一些資料或數據，不是各部門互踢皮球就是拖延，完全跟不上打選戰的步調。
他舉例說，黨跟行政部門要一些馬英九在各選區的政績，結果行政部門送來厚厚1大本未經消化的資料，根本無法在有限時間內抓到重點，光是要消化完就不知要花掉多少時間了，根本派不上用場。
過去選戰，國民黨擅打組織戰與政績牌，結果這2次選舉完全失效。前年的9合1選舉政績牌失靈，讓國民黨在地方選舉慘輸，而這次總統與立委選舉更慘，政績牌連打幾乎沒打，大多立委更深怕被「執政不佳」的印象拖累。 （相關報導： 「根本在向蔡英文輸誠」 看守政府輪替前搶著做事 藍委怒批「巴結」 ｜ 更多文章 ）
今年敗選之後，毛治國請辭閣揆後即請假神隱，馬英九到毛寓所慰留還撲空，讓馬臉上無光。最終由非傳統國民黨體系出身的張善政接任，雖然一上任就面臨台南震災的挑戰，張揆非但沒有怯場，表現還出乎外界意料的好，許多發言都讓外界感受到「溫度」，是藍營在執政末期極少數表現突出的政治人物。
