供奉明治維新以來日本戰死軍人軍屬的靖國神社，23日上午10時左右發生爆炸。東京消防廳獲報趕到後，發現爆炸地點在神社南側的公共廁所內，所幸無人傷亡。由於11月23日是日本的國定假日「勤勞感謝日」（勤労感謝の日），這一天也是日本的「新嘗祭」，靖國神社每年上午10時都會進行相關的祭祀活動。《產經新聞》稱，警視廳不排除遭到恐怖攻擊的可能性，正在積極偵辦中。
位於東京都千代區九段北的靖國神社，由於供奉對象包括二次大戰的日本甲級戰犯，當日本首相或閣員入內參拜時，屢屢引發中韓等鄰國抗議。23日上午10時左右，有民眾通報119在靖國神社「聽見爆炸聲響」。消防隊趕到後發現，神社南門附近的男廁牆壁一部燒毀、天花板炸出約30平方公分的開口，沒有民眾傷亡。
警視廳的爆炸物處理班趕到後，在現場進行了詳細的調查，發現定時點火裝置、乾電池、電線與PVC管等可疑物體。警視廳麹町警署的牧野隆副署長也在現場指揮，他表示現場有爆炸痕跡、天花板也被炸壞，實際爆炸原因正由爆炸物處理班調查中。
NHK稱，由於靖國神社每年11月23日上午都會舉行「新嘗祭」（由天皇在伊勢神宮主祭，祝禱五穀豐收，不過現在多半是派遣敕使代為宣達文書）的祭典，許多民眾都會在這一天到訪，幸好沒有造成更大傷害。 （相關報導： 靖國神社爆炸案》警方已掌握一名可疑男子 神社本殿停止參拜 ｜ 更多文章 ）
NHK報導，發生爆炸的男廁是在靖國神社南門附近，該門從每年11月到2月都是在下午5時就會關閉，第二天上午6時開啟。定期都會有警衛進行巡邏，確認有無異狀。靖國神社南門附近的大樓工地警衛表示：「上午10時左右，靖國神社方向傳來一聲好大的爆炸聲，不過沒有看到煙霧。」
