總統馬英九公開提出「南海和平倡議」，除維持擱置主權爭議、合作開發資源等基調外，同時強調回歸聯合國憲章及聯合國海洋法公約，被解讀為傾向美國立場；是否可能導致中國不快，引起關注。國安幕僚表示，經過7年互動，北京已與馬政府建立足夠互信，我方就南海議題提出台灣立場，不會讓北京懷疑馬英九有意「聯美制中」。
馬英九日前提出「南海和平倡議」，主張該海域主權聲索國擱置爭議，對話協商共同開發；並強調尊重包括《聯合國憲章》及《聯合國海洋法公約》在內之相關國際法原則與精神維護南海地區海、空域航行及飛越自由與安全。
由於《倡議》內容與美國立場相近，美方又在最短時間公開肯定《倡議》主張，被解讀為台灣在南海議題上向美方靠攏。而正因南海問題與美國角力的北京，僅表示「兩岸中國人有義務共同維護國家領土主權和海洋權益，維護南海地區和平穩定」，並未回應馬英九的對話主張。
事實上，由於台灣雖然同為南海主權聲索國之一，但夾在中、美及東協之間處境尷尬，立場一直有向美方傾斜的跡象。在2014年政軍兵推中，想定內容便包括美軍在南海與中國發生衝突，我國在太平島向美軍提供人道救援。
在「南海和平倡議」提出後，外交圈再度出現台灣在南海問題上與美國站在同一邊的解讀。國安幕僚回應，過去北京可能會懷疑台灣「聯美制中」，但經過7年互動，北京與馬政府已建立足夠互信，了解馬英九一貫主張以對話代替衝突，不會產生台灣「選邊站」的疑慮。
國安幕僚表示，無論是去年的兵推內容，或是「南海和平倡議」的精神，我方謹守以人道為出發點，也未破壞台美及兩岸間的默契。這名幕僚以去年美國F18戰鬥機迫降台南為例說，美軍將台灣納入太平洋戰略布局，做為緊急救援據點，符合《台灣關係法》精神，而馬政府也無意此以反制中國，自然不會導致北京不快。
國安幕僚分析，外界多認為台灣在南海沒有軍事力量做為後盾，不可能有發言權，但「小國有小國的角色」；台灣在太平洋地理位置特殊，美國和日本不希望台灣向北京靠攏，中國也不願見到台灣與美國合作，恰好構成台灣發言的「巧妙戰略地位」 ，也正是馬英九提出「南海和平倡議」的基礎。 （相關報導： 卸任前拋南海和平倡議 馬英九完成區域戰略拼圖 ｜ 更多文章 ）
對於外界質疑，南海與東海狀況不同，類似精神的倡議恐怕難以適用，幕僚表示，馬英九認為「以小事大的基本原則不會改變」，儘管問題不同，「但和平只有一種」；台灣藉由和平倡議的提出向相關國家表明台灣的立場，也希望明年之後無論由哪一黨執政，新的總統都能夠延續此一政策方向。
