（一九四七年）五月十六日，台灣省政府成立，台灣省政府主席魏道明宣誓就職。魏道明立囑彭孟緝「自今晨起解除戒嚴，結束清鄉，停止新聞、圖書、郵電檢查，及撤消交通、通訊之軍事管制」，並在台灣省參議會第一屆第三次大會上發表施政報告時說：「省政問題雖然是千頭萬緒，亟待解決者很多，然而，在省政府成立之際，吾人覺得最急迫者即是因二二八事變所產生非常狀態之復原。」當然，振興經濟才是根本，「台幣之法幣匯率，亦自今日起，自四十提高至四十四」，魏道明說他的三項對策是求謀經濟的安定、推進復興工作、改善大眾經濟。
初來時，鈕先銘可謂仕途順遂，六月三十日，蔣中正批准鈕先銘升台灣全省警備司令部副司令。後來，卻因二二八事件的處理而變了調。江南《蔣經國傳》說：「魏道明時代的習慣，凡事聽令鈕先銘一手包辦，偶而，要過問一下司令部的大事。」就是彭孟緝與之嫌隙所在。因為，「凡事聽令鈕先銘一手包辦」，讓鈕先銘被媒體戲稱為「小主席」。這換成其他人可能就順水推舟，落得清閒，可是彭孟緝個性強，又是黃埔學生，何況在高雄要塞司令部司令任內即因對二二八事件態度強硬而受層峰賞識，豈甘大權旁落。尤其，當魏道明收到南京來的「密電」，指示他釋放或以其他方式處理某二二八事件受難者時，一概交由鈕先銘處理。所以鈕先銘生前常説：「主席閱後批示，即交辦我去處理，因為直接跳過了彭孟緝，彭司令心中不滿，為日後二人的嫌隙埋下導火線。」
令人玩味的是，不過五年，彭孟緝竟在其《台灣省二二八事件回憶錄》中寫道：「魏道明……絕對主張軍民分治。他就職後對我說：『我是文人，不僅軍事，凡有關軍事方面的問題我聽你的意見，在政治上一切都請採納我的意見，並請配合。我臨離開南京向蔣主席請訓時，也得到如此的指示。』我同他本著這幾句君子協定做下去，軍政之間如水乳交融，私人之間也如兄弟和諧。」
由此可以看出蔣中正用人的高明之處，並窺知鈕先銘在台仕途順逆之一二。至於因為南京方面的指示而釋放了多少台灣人？時間久遠，他記不淸楚，也沒必要記，因為這完全是依照南京方面的指示。
例如，接受花蓮鳳林的二二八事件受難者張七郎（一八八八至一九四七）醫師的妻子詹金枝陳情，並盡力處理，發函花蓮縣政府……等，要求查明到底發生了什麼事。
又，民國三十七年二月十八日夜，國立台灣大學中國文學系主任許壽裳（一八八三至一九四八）在台北市青田街六號寓所中被人砍死，翌日上午才被發現，鈕先銘即率憲兵第四團團長張慕陶、警務處處長王民寧和副處長劉戈青、陸遂初、台北市警察局局長李德洋、地檢處首席檢察官沙宗棠、檢察官蔡萬田、方宗南等到場調查。 （相關報導： 鈕則堅專文：汪精衛當漢奸，是汪的錯還是蔣介石的錯？ ｜ 更多文章 ）
又，被認為是二二八事變叛亂主犯的蔣渭川（一八九六至一九七五）「託台省耆紳林獻堂轉請本黨台灣省黨部主任委員代向警備部暨台省高等法院請求准予自首，該犯乃於二月二十七日上午九時由警部副司令鈕先銘陪送至台灣省高等法院檢察處投案，由首席檢察官葛之覃訊問後，即交丘念台具隨傳隨到保釋，又據葛之覃表示，該蔣之罪刑如何應待審訊後始得確定，惟既深知悔悟投案自首，當一本政府寬大為懷之旨從輕發落。」化名「郭治平」的保密局台灣站的報告如此寫道。
