除了個別的學者之外，美國的學術團體也針對孔子學院提出報告。美國大學教授協會（American Association of University Professors）於2014年6月向設有孔子學院的大學公開呼籲，當時幾近有一百間大學，要求他們重新檢討他們在學術自由方面所付出的代價，這份報告特別提到，「孔子學院是中國政府的一隻手臂，且被允許來忽視學術自由。」2017年美國全國學者協會（National Association of Scholars）就孔子學院進行相當徹底的研究，發表了一份長達183頁的報告，該報告呼應了教授協會的建議，並據實說明孔子學院應該關閉的四大理由：一、對學術自由的限制；二、缺乏透明度；三、與中共所控制的機構牽涉太多；四、擔心他們被利用而成為中國「軟權力」或親中共宣傳的工具。不過，本報告的最後結語則稱：就孔子學院而言，並不主張予以關閉，認為只要和合乎某些條件，即可讓他們存在，例如透明化、管理權完全屬於地主機構，而不是與漢辦分享管理權、合約內關於所有活動必須合乎中國法律的規定務必刪除。就常人看來，這幾項結語未免太過於一廂情願，將置漢辦於何地？
芝加哥大學百餘名教授簽署提議書一事，曾引起當地媒體的甚大關注，芝加哥論壇報於2014年5月4日刊出記者葛羅士曼（Ron Groosman）的長篇報導，標題為「芝加哥大學教授們要求把中國資助的學院趕出校園」。其實這一消息也受到歐洲媒體的注意，英國倫敦電訊報便指出：中國致力於投射其軟性權力的努力「受到嚴重的打擊」，芝大與賓州大關閉孔子學院，代表中國企圖利用政府資助的機構來改善它在世界的形象大受打擊。芝加哥論壇報這篇報導曾想方設法要訪談在芝大孔子學院任教的三名來自中國的教師，但該校發言人說這三人以英文能力相當有限而未便受訪。該報特別指出，請願書上所有芝大的中國專家皆缺席，唯一例外是退休教授余國藩。余氏受訪要點如次：
芝加哥大學退休華文教授安東尼．余迄未與來芝大的華文教師相見。但幾年之前，他曾向在美國校園任教的華文教師的大聚會發表演講。他發現只有少數人能說流利的英文。絕大多數人並未受過語文教師的訓練，他們之簽署語文任教計畫，是為了見識見識中國國境以外的世界。
「如果他們沒有能力說英文，我們需要他們圖的是什麼？為什麼不在我們本地聘請？」余表示。「有很多華裔美國人具備雙語能力。」......
余說，在校園內設立孔子學院，即便它有助於改善中國與美國的關係，其代償也實在太高了。
「即使你向中國只拿了一塊錢，」余說，「你就出賣了你那與生俱來的知識權利。」
