余正煌自訴林智堅碩士論文違反著作權案2023/1/11首度開庭，距他在2022/9/29到台北地院提告林違反《著作權法》，已經104天。余以自訴的方式，可以避開檢察官，不受偵查不公開的限制，得以閱卷，知道林智堅怎麼答辯，等於是在法庭直球對決。
不過，就在開庭前一天2023/1/10余在臉書發文指「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來」，引人聯想。相對地，國安局長陳明通在2023/1/10晚間在立法院朝野黨團協商總預算案時，為林智堅喊冤說論文案絕對是「冤案」。（陳面對國民黨的提案表示，「報告院長，我還是要說明，林智堅的案子確定是冤案，明天法院要開議，所有證據（國民黨立法院黨團總召）曾銘宗、（國民黨立委）溫玉霞都看過，這就是一個冤案，在此說明，通過這樣的提案沒辦法接受。」）
2023/1/11開庭小智稱沒有動機抄襲，所以沒有認罪問題。林的辯護律師胡中瑋表示，「我們不認為台大學倫會的審定的報告，有證據能力，理由是學術倫理，對於抄襲的標準跟侵害著作權的標準並不一致，思想概念之抄襲違反學術倫理，但是不侵害著作權」；余的委任律師則以論文比對，有33處完全相同文字，主張林智堅抄襲事實明顯。
開庭時法官首先問他是否認罪？林答：「我的論文是以我2014年選舉做的內部民調、在老師陳明通指導下完成，我沒有動機、也沒有必要抄襲，當然沒有認罪的問題。」法官接著問怎麼寫論文？林智堅答：「meeting都在台北、在學校內陳明通的辦公室…撰寫在台北、新竹…在台北時都在學校寫，在新竹時不一定。」之後林智堅未再發言，全由律師代言。（小智對於法官所問如何寫論文，顯然答非所問，是有意要避開最核心的問題嗎？）
可見到的是：余是有備而來；小智的辯護則是我無罪，我沒有抄襲；陳明通則是為小智喊冤。本案還在司法訴訟的過程，我們自當從旁觀察，無需夾敘夾議。然而，此案從爆發開來迄今，通堅師生一再聲明小智的版本才是「原創者」，陳明通幫小智喊冤之後2023/1/12還特別發表聲明：余生2016/3/8寄給他的研究計畫以及最後的論文，在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。讓人感覺到就是「一口咬定」余生的論文就是抄襲小智的內容。是小智冤？還是冤枉余生？
冤案疑點一：2022/7/5陳明通聲明：「…余正煌因為一開始寫的碩論計畫不理想，想換題目，他找上我的研究助理楊喜慧，我徵得林智堅的同意，把林智堅的民調資料給余正煌用，並建議他換題目寫林智堅，同時把林智堅當時初步寫的東西（前面幾章，尤其是研究設計）給余正煌參考，同時以口試委員的身分給余正煌一些寫作建議。」請注意：
１，余生因為論文計畫不理想，所以想要換題目；身為口試委員與國發所所長的陳明通「好心」給他建議，還幫他去徵詢小智讓小智將民調資料給余生用，並建議他換題目寫林智堅。 （相關報導： 夏珍專欄：林智堅的冤案，台大的醜聞 ｜ 更多文章 ）
２，余生有了這些民調資料，再加上阿通師提供了小智初步寫好了的計畫給余生參考。
