前總統陳水扁選在4月7日鄭南榕自焚紀念日召開記者會，宣稱他的國務機要費因公支出超過1億3千多萬元，多過檢方起訴他涉嫌貪汙的1億400餘萬元，因為支出大於收入，所以他沒有不法所得，當然也就沒有貪汙。
緊接著民進黨立法院黨團總召集人、立委柯建銘宣布，國務機要費就是特別費，而特別費已除罪化，這是歷史共業，這個會期將處理相關修法。
陳水扁是第一個寫下台灣民主政治政黨輪替的民選總統，也是台灣第一位得票率超過50％的民選總統，但是他也是台灣第一位因貪污罪坐牢的總統。
阿扁涉貪？巨觀微觀答案不同
國務機要費案是民進黨第一次執政的分水嶺。民進黨因此江河日下，國民黨則在2008年重返中央執政，而且掌握國民會絕對多數。
民進黨第一次中央執政就是以2006年陳水扁的國務機要費案為分水嶺。國務機要費案也寫下一個歷史記錄：總統府與總統官邸第一次成為檢察官偵訊總統的地點；緊接著吳淑珍成為第一位被起訴的第一夫人。當時在總統府外的凱達格蘭大道上，則是數以十萬人計的紅潮群眾。
吳淑珍被起訴後，當時陳水扁第一時間就在總統府召開記者會說：「清廉名譽比生命重要。個人去留微不足道，我相信歷史會還我公道，司法會還我清白，不過，我不是戀棧職位，不必等到三審定讞，只要司法一審判決貪污有罪，我立即下台。」
「只要司法一審判決貪污有罪，我立即下台。」這當然只是一句空話，吳淑珍以自己的病情當盾牌，在陳水扁卸任前一直向法院請假，從未出庭；，陳水扁則受到現任總統免受刑事追訴的保護，做完他的總統任期。但後遺症則是民進黨因此江河日下，國民黨則在2008年因為馬英九當選總統而重返中央執政，而且掌握國民會絕對多數。
吳淑珍被起訴時，陳水扁在總統府記者會的回擊也是支出大於收入，其實這就是「大水庫理論」。
陳水扁的國務機要費從總體而言，他八年的因公支出金額確實遠大於收入。但是若從微觀角度，舉一個例子，國務機要費也直接被拿去繳納陳水扁個人的壽險費用，而這些壽險價金到期後，都已成為陳水扁的所得。所以陳水扁的國務機要費案，若從總體而言，確實沒有貪污；但是若從微觀角度，拿國務機要費去繳保險金、地價稅就有貪污之嫌。
王金平拒絕為馬關說侯寬仁
國民黨立院黨鞭曾永權與時任立法院長王金平會面，希望由與侯寬仁有遠房姻親關係的王勸侯不要再上訴馬英九特別費案。
吳淑珍在2006年被起訴後，緊接著就是2007年馬英九的台北市長特別費案，馬英九同樣被起訴，馬英九的律師團則以馬個人公益捐款總額大於市長特別費總額，主張馬英九沒有貪污。
而起訴馬英九的檢察官侯寬仁則主張，「大水庫理論」違背預算制度。馬當時薪水14萬多元，每個月匯20萬元給太太，其中有些是特別費，這是明顯詐欺及侵占公款行為，「如果這不是貪瀆，那什麼才叫做貪瀆？」 （相關報導： 顧爾德專欄：扁案該了結！阿扁該道歉了！ ｜ 更多文章 ）
不過馬英九的命運和陳水扁大不同。馬英九2007年2月13日全案偵結，依《貪污治罪條例》中「利用職務機會詐取財物」罪名起訴；但是同年8月台北地院就判馬無罪，效率之快，難得一見。
