由於國軍志願役招募不順，國軍人力缺口問題嚴重，為了鼓勵國人從軍，未來新制上路後，現役士官轉服軍官以前之士官年資，以及1997年6月以後就讀軍校之軍校年資，未來退役後均可年資併計，為了彌補具新舊制年資人員，在軍人年改方案上路後大量搶退，民國86年入伍、具備舊制年資之軍人，國防部仍維持既有的「年資補償金」制度，和公教人員的年資補償金被全部砍掉相比，民進黨政府對軍人「寬厚」許多。
根據國防部統計，民國86年入伍、符合領取「年資補償金」之現役軍人，人數約7000人，為避免「年資補償金」之取消，導致具備新舊制年資之軍人搶退，本次修法仍保留「一次性補償金」，但刪除月補償金制度。至於目前已經在支領月補償金之退役軍人，新法上路後，將依據其核定之退伍除役年資、俸級，依照修法前之規定，計算其應領之一次補償金，扣除其已領之部分，補發其差額。
鼓勵從軍 就讀軍校、士官轉服軍官年資併計
另外，軍士官在1998年6月以後，就讀軍校之在校年資，得折算服役年資、退伍金、退休俸和贍養金，但年資折算必須補繳軍校就學期間之退撫提撥，根據國防部規劃，未來具備軍校就讀年資之軍士官，在新制上路後3個月內，必須依據出任到職之日支薪官階，向所屬單位提出退撫基金補繳申請，完成退撫基金之補繳後，始得將軍校年資併計。本項規定係參照大法官第455號解釋之精神。
考量目前現行軍職人員，已無外職停役制度，本次軍人年改也參考公教人員退休後轉任制度。配合立法院杜絕「雙薪肥貓」之相關決議，已支領退休俸和贍養金之軍士官，退休後若轉任政府捐助之行政法人和捐贈比率20%之財團法人，其月退俸將予以停發，同時，也比照國營事業負責人任用相關規定，退役軍士官若轉任相關機構之董事長和執行長，其年齡不得超過65歲。
不過，雙薪肥貓規定，針對特殊情況也有訂定例外條款，首先，為鼓勵退役軍人投入緊急救災，退役軍人受聘執行緊急或危難事故之救災，仍得支領月退俸，其次，對於具備醫療專長之軍醫，包括三總等國軍醫院內具備軍人身份之醫療人員，未來若受聘擔任山區、離島和其他偏遠地區之公立醫療機構，從事基層醫療服務者，月退俸也不受影響。 （相關報導： 軍人18%優存10年緩降 條件是本金10年後才可取回 ｜ 更多文章 ）
在軍人配偶與直系血親之年金請求權方面，本次軍人年改也比照公教人員年改，針對軍人服役期間，婚姻存續關係滿二年之離婚配偶，若婚姻財產關係為法定財產制和共同財產制者，離婚配偶得請求分配該名軍人之退伍金和退休俸。但本條例施行前已離婚者並不適用。
