自管中閔校長當選臺大校長後，反對者可說奇計並出，從少數教授、教育部、甚至監察委員也加入類似案件戰局，並指稱：管中閔違法於2005年間到大陸「違法」到大陸兼職云云，鋪天蓋地，好不熱鬧。
不能以國家安全之名迫害學術自由
首查，《愛因斯坦論和平》一書中，他提到學術自由的迫害：「由於聲稱我們的國家有外來危險，教學和觀點相互交換的自由，其他出版或通訊傳播的自由都收到侵害。並藉此使人誤以為威脅他們經濟安全的環境。許多人避免自由表達觀點，甚至在私下場合亦然，這就是威脅民主政府的情況」等語，著有明文。
承前，管校長當選後諸多抵制藉口：從財團介入、利益迴避、進展到大陸兼課云云，比對愛因斯坦肺腑之言，不也是以「國家安全」與「經濟利害」為包裝，將單純的校長選舉，窄化為「財閥對清流」、「中國對臺灣」，進而遂行侵害學術自由，實為黨同伐異。有識之士居然全部噤口，任憑瓦釜雷鳴，不是另類的威權？
豈能以過了追訴期之條款質疑其資格？
次查，《行政罰法第27條第1項》：「行政罰之裁處權，因三年期間之經過而消滅。」等語，定有明文。又查，《最高法院刑事判決100台上5625》「刑法第一百二十九條第一項所稱之「其他款」，係指租稅以外之稅捐、規費等一切公法上收入之款項，並不以稅捐為限。又該所收之入款，並無須有徵收之法律之根據，如就不應徵收之入款，巧立名目，故意違法徵收，縱其目的為公，亦應負本條違法徵收之罪責。」等語，著有明文。
承前，據報載管校長疑似於2005年與2007間，就到大陸從事學術交流，即使有違反（假設語氣）臺灣地區人民與大陸地區人民關係條例第33條之1規定（下稱：兩岸條例），行政機關也因為超過3年而不能裁罰，若貿然裁罰，行政機關亦有有刑法第129條違法徵收罪責。申言之，既然連行政處分都不能違法發佈，何來公文證明管校長違法？更遑論所謂大陸兼職，就要撤出校長當選資格。
學校法人與自然人不能一併而論
又查，《兩岸條例第33條之1第1項》：「Ⅰ臺灣地區人民、法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得為下列行為：一、與大陸地區黨務、軍事、行政、具政治性機關（構）、團體或涉及對臺政治工作、影響國家安全或利益之機關（構）、團體為任何形式之合作行為。二、與大陸地區人民、法人、團體或其他機構，為涉及政治性內容之合作行為。三、與大陸地區人民、法人、團體或其他機構聯合設立政治性法人、團體或其他機構。」等語，定有明文。《兩岸條例第33條之3第1項》：「臺灣地區各級學校與大陸地區學校締結聯盟或為書面約定之合作行為，應先向教育部申報，於教育部受理其提出完整申報之日起三十日內，不得為該締結聯盟或書面約定之合作行為；教育部未於三十日內決定者，視為同意。」等語，定有明文。 （相關報導： 夏珍專欄：管中閔退一步，則大學獨立自治將無死所！ ｜ 更多文章 ）
承前，依照民國92年間立法院修正理由，前開33條之3採「申報異議制」，且針對學校與學校間的姐妹校，並非如33條之1的規定規範人民。簡言之，「人」自然人乃33條之1規範，「學校」法人團體則為33條之3規範，且若無聯盟或書面合作，是學校不能校對校的策略聯盟，與教授個人何關？且單純學校講課，何來「政治性內容」？承前，有論者以為：若管校長未有學校報備合作，就屬違法云云，明顯適用法規錯誤，且將「自然人」與學校「法人」混為一談，不足為訓。若要以此為理由刁難管校長，更屬欲加之罪。
