東印度公司在屬於「政治之海」的東亞海域，則遵循這片海域的規則從事貿易活動。他們展現出來的行為，與在印度洋海域及東南亞截然不同，不會強行把自己的理論與商業習慣強行加諸於當地人身上。至少歐洲東印度公司直到十八世紀末為止，都不是東亞海域的主導者。中國、日本政權、華商以及船員，才是推動這片海域歷史的主角。
十七世紀前半，中國與日本、馬尼拉、東南亞之間的貿易往來繁盛。在日本及馬尼拉方面，主要以本地產的生絲換取白銀；在東南亞方面，則是以本地產的商品，換取香料及染料。本書的第三章已經詳細介過其中的貿易結構與實際情況，從結構圖可以看出，在一六三○年代到八○年代之間，原本順利的貿易活動陷入極度萎縮。因為這段時期，中國發生了明帝國滅亡與清帝國興起的重大事件，之後的東亞海域，就成了擁立明帝國皇子對抗清帝國的鄭氏海上勢力，與清帝國之間展開激烈鬥爭的舞台。
以下將說明這場在東亞海域史上具有重要意義的爭鬥。打下鄭氏海上勢力基礎的，是在一六二五年之後，活躍於東亞海域的鄭芝龍。鄭芝龍出身於福建泉州近郊，在以平戶為據點的同鄉華人海商李旦的手下工作，並且獲得李旦的信任。李旦死後，鄭芝龍繼承其資產，過沒多久就發展成在東亞海域一帶呼風喚雨的一大軍事勢力。李旦與鄭芝龍主要從事日中貿易活動，但也不時做出掠奪敵對船隻的海盜行為。鄭芝龍在一六二八年占領廈門，並以此根據地。明帝國則授予他官職，對他採取懷柔政策。此時的鄭芝龍手中掌管的船隻已經達到七百艘。
此後，航行東海的船隻如果沒有事先向鄭氏勢力繳納規定的金額，取得稱為「照牌」的航行証明書，就無法安全航行。如果船隻未持有照牌，或是持有的照牌超過一年的有效期限，就會遭到追捕並沒收船貨，船員也會遭逮捕。鄭氏勢力利用武力保障航海安全，並向船隻收取通行稅的制度，可以說是東亞海域的創舉。其靈感或許來自於葡萄牙人在印度洋西海域發行的海上通行證――卡特茲（cartaz）的靈感。無論如何，鄭芝龍在東亞海域建立了實質上的「海上帝國」。
一六四四年明帝國滅亡後，鄭芝龍歸順清帝國，不過芝龍在平戶與日本女性田川松所生下的兒子鄭成功，則選擇了不同於父親的對抗清政權之路。鄭成功的目標是擁立明帝國的皇子，建立自己的海上帝國。清帝國對於鄭成功勢力侵擾從浙江、福建到廣東沿岸的行為感到棘手，於是在一六五六年頒布海禁令，禁止沿海的船隻出航，一六六一年更發布從海岸線起算三十里（十五公里）以內的居民，必須遷移到內陸的遷界令。這項命令的目的是為了使沿岸無人化，藉此切斷鄭氏勢力與沿海居民的接觸。
清帝國的強硬手段使得鄭成功被迫切斷與大陸沿岸連結。鄭成功只好捨棄廈門，與二萬五千名士兵一同移往台灣。荷蘭東印度公司雖然在台灣建立了兩個要塞與商館，但鄭成功的軍隊在一六六二年攻下這兩個要塞，迫使荷蘭人從台灣撤離。不久之後鄭成功過世，清帝國終於在大約二十年後的一六八三年，成功地壓制鄭氏政權。這個從十六世紀後期倭寇時代以來，活躍於東亞海域並擁有強大的軍事力與自律的海上政治勢力，就此失去蹤跡。
