約一個半月前當台灣疫情突然炸開，而中央政府防堵無力時，中央疫情指揮官陳時中一下從雲端落地成了箭靶；相對地，台北市長柯文、新北市長侯友宜的聲量大升，他們的防疫表現也獲得民眾較多肯定。一個半月後，台北市果菜市場疫情擴大，換成柯文哲成了箭靶。
當外界批評柯文哲對北農群聚擴大處理不當時，他則抱怨北農事受件受到太多政治干擾。他說和疫情指揮中心開會可以專業、科學地討論問題，但「出了房門他們還是政治對政治！」傳出中央要派醫福會執行長王必勝接手處置北農，柯文哲再次強調不要政治干擾專業，北農在北市境內，他會負責處理。
北農疫情從5月中旬開始，到7月2日北農累積確診數已高達103例，而環南市場也有97例。柯文哲在6月下旬還是五十多例時說，總數看起來多但其實平均一天一、兩個，沒那麼嚴重，而且確診者占總體比例也不高。他反對果菜市場休市，「動不動喊休市，只會造成更大混亂。」柯文哲也抱怨中央訂定的疫調機制出問題，北農很多人居住外縣市，而現在疫調是以居住地為單位，不是工作地，讓疫調進行不順利。到了環南市場驗出眾多陽性確診時，柯文哲終於承認「沒想到無症狀黑數真的滿多」，但對外界批評他當初不全面做快篩，他則辯稱，就算設篩檢站，現在國家公權力無法強迫民眾做篩檢。
柯P甩鍋的語言遊戲
柯文哲玩了一個語言遊戲：一方面，若中央政策和北市不合、中央要介入北市防疫，他就說是「政治介入」。另一方面，做不好疫調的責任就推給中央，稱疫調機制設計不好，需要中央介入；中央要北農普篩，他則說國家沒辦法強制民眾普篩。
但疫情是5月中旬開始，之前一個月做疫調沒有發現疫調機制的問題嗎？如果時發現就和中央反應、協調，會搞到到六月底才發現疫調圖象不完整？當各界要究責時才用疫調來甩鍋中央。
柯文哲用國家無法強制普篩來回應外界批評果菜市場沒早做普篩。但當北農疫情擴大後，農委會介入下令：要持陰性證明才能入場交易。想進場做生意的人就得做篩檢，這也沒有侵犯到人民的自主權。
更何況《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第7條賦與中央流行疫情指揮中心指揮官很大的權力──指揮官「為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處」，普篩當然屬於一種必要措施。
如果柯文哲向陳時中要求他下令果菜市場強制普篩，陳時中會同意嗎？上述特條例第7條被批評為空白授權，給指揮官太大權力。但很弔詭的，陳時中似乎不願意用這個權力授權各部門進行強制性措施。例如離島要求在機場設快篩站，陳時中要求只能是自願性，不能是強制性；立法院要設快篩站，陳時中也強調要是自願性。為什麼不能強制性？在離島機場快篩這件事情上，指揮中心稱，對跨縣市移動採取人員進出管制，或要求民眾強制普篩，屬全國一致性的重要政策，應由中央指揮官之指示辦理。 （相關報導： 市場專案篩出52例確診 柯文哲：第一果菜市場7人中有4人是之前感染解隔離的 ｜ 更多文章 ）
這樣的解釋是認定：強制普篩是「全國一致性」的政策，也就是澎湖機場要快篩，其他縣市也要比照；立法院要強制快篩，行政院也要快篩。但上述特別條例第7條給予指揮官很大的彈性空間，為什麼指揮中央還是做出這種僵硬的解釋？中央疫情指揮中心是否太強調全國防疫一條鞭的本位觀點？
