在中國，法律是統治的工具；在台灣，法律是政治的工具；諷刺的是，最能彰顯「法律是政治工具」的竟是基本不該具有「政治性」的《會計法》；這部訂於大時期一九三五年的「大法」，國民政府遷台前修兩次，遷台後威權時期修兩次，政黨輪替後修三次，刻正準備第四次修正，包括此番修法，已經三度為了前總統陳水扁引爆「國務機要費」，牽動全台機關首長「特別費」的「歷史共業」大動干戈。
諷刺的是，法當「監管」的概念，在晚近幾次針對第九十九之一條的修法主旨都在「除罪」，完全符合封建皇朝時期「法不責眾」─即使違法，但同樣這麼幹的人多了，就不好責罰了─因為放眼全台，但凡有權支領、承辦特別費的「首長」和相關人員（包括教授）太多，幾乎成為因循苟且之慣性，簡單講，當「違法」具有普遍性，一為避免選擇性執法陷阱，有人可能因此入罪有人却可能避罪，難免人心不平；二為人心浮動惶惶不安，因為「普遍違法」，只好「普遍除罪」，但為特定緣由的「除罪」，並不能開脫假發票報假帳的違法事實。
法不責眾，但身陷國務機要費的總統只有扁一人
提案立委蔡易餘聲稱此案並非為陳水扁解套，這個辯解太過牽強，因為提案說明清清楚楚指出，「有鑑於國務機要費由來可追溯至民國四十、五十年代，當時分為『機要費』與『特別費』二筆，六十年代則合併稱為「國務機要費」，顯見「機要費」與「特別費」的性質相同。再者，特別費的報支及核銷等程序，數十年來儼然形成行政慣例，參與其業務之相關人員如各機關首長或其授權之承辦人員，對其處理方式已產生一定程度之信賴，並依例辦理相關業務。因此，對辦理國務機要費等相關業務的人員，其所按照行政慣例的行為，應給予善意的信賴保護，以杜絕社會各界的爭議，並給予解除相關人員的責任。」所以修正條文才會在原來「除罪」的範圍，在特別預前增加一項「機要費」，而寬宥的大限也從原定的民國九十五年以前，再放寬到九十六年以前。
民進黨總召柯建銘就誠實得多，他直接呼籲國民黨，「面對歷史真相，如果繼續把國務機要費當作政治提款機，是極大的不道德，也受受到歷史的鞭屍。」他說，「這不只是為了陳水扁，如果連這個都不敢平反，算什麼政治人物。」言下之意，民進黨要平反的是國務機要費，而非陳水扁的國務機要費案。不過，眼前的歷任總統（包括現任），都沒有國務機要費的問題，而且，修法之後不表示未來的總統或行政首長，可以亂報國務機要費或特別費，所以，國民黨指這是「針對性修法」其實相當精準。
《會計法》第九十九之一條，新增於二０一一年，其背景就是因為陳水扁的國務機要費案爆發，民進黨舉發時任台北市長馬英九的特別費核銷違法，國民黨再回敬舉發民進黨首長，結果，檢調全面出動，翻江倒海調查全台七千多名中央到地方的政務和民選首長，其中馬英九、游錫堃、呂秀蓮等都被起訴（後均判無罪），絕大多數首長不會經手特別費報銷，唯一倒楣的只有馬英九特別費的經手人余文。 （相關報導： 顧爾德VS.夏珍：兩岸不復談，難道真想打？ ｜ 更多文章 ）
馬英九曾為「顏清標條款」向全國致歉
不過，這次除罪僅及於行政機關，顯然不夠，因為還有民代、及以假發票報研究費的龐大教授群，於是二０一三年，立法院又通過修法案，在原來的九十九之一條中，增加一道「大尾巴」，「中華民國九十九年十二月三十一日以前各民意機關支用之研究費、公費助理費與加班費、業務費、出國之考察費、各鄉（鎮、市、區）公所支用之村（里）長事務補助費；中華民國一百零一年十二月三十一日以前各大專院校職員、學術研究機構研究人員支用政府機關補助之研究計畫費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰。但已報支不符法令之相關費用，應予繳回。」和一個「小但書」：「意圖為自己或第三人所有非關研究執行之財物，而報支政府機關補助之研究計畫費者，不適用前項規定。」（公款公用不能私用，比方教授拿研究費買自家冰箱等就不能除罪）
