近些日來，從南方澳斷橋、普悠瑪及太魯閣號事件、缺水旱災等，這些公共安全及民生問題，所張顯政府主管機關未盡心力，主辦機關能力不足，顧問工程公司、營造廠、技師及工地主任在法規、管理及執行有缺失問題，而其問題卻分屬中央政府之交通部、內政部(營建署)、工程會、勞委會等機關。
太魯閣號嚴重事故後，檢調單位檢討方向朝該工程之發包、監造及執行，所探討之最低標採購、監造是否落實、營造廠借牌投標、專業工程人員租牌等長久存在之問題。
每當災難發生時，大家用最嚴厲眼光審視批判檢討後，災難事件仍然持續發生。這是因為政府號稱重視國家建設，但卻未檢討政府建設組織體系，及重視工程界及產業發展，雖說每年投入相當國家預算推動建設，但是卻未推動創新及檢視實質成果，並據以提升產業競爭力。
冗長政府組織改造，卻不見成效
順應世界情勢與環境變化，為提升國家競爭力，增進國民福祉，依循先國家作法，啓動政府組織再造。政府於民國76年解嚴後啓動系統化行政院組織法研修作業，分別於77年、91年提出修正草案並於91年4月送立法院審議。為強化及整合推動國家建設效能，自93年9月起之各版組織法草案內均納入「交通及建設部」。後於民國99年1月終於經立法院三讀通過「行政院組織改造法案」，設置14部、8會、3獨立機關、1行、1院及2個總處，共計29個機關，並包含「交通及建設部」。在本人服務行政院期間，亦在工程產業界支持及當時行政院熟悉組改之江宜樺副院長協調整合下，做出將行政院工程會主要業務合理併入交通及建設部，及將工程為重軸之採購法、促參法也一同併入之整合案，可惜未及在立法院審查通過。
公共工程委員會自84年7月20日成立迄今，將工程事務統籌監管提升至部會層級，補強了舊有政府組織之不足，普為各工程機關及產業界肯定。現為了組織改造，能夠合理併入「建設部」也是符合工程組織整合之精神及目標。
組織改造已經30多年，然而，現在行政院能夠推動數位發展部，卻莫視國家建設組織17年長久以來，以「交通及建設部」整合推動之規劃。除將交通部依組織法祇是將交通部虛改稱為「交通及建設部」，無建設組織之實，而在公共工程委員會退場後於行政院下設「公共工程總處」，其功能已經大幅降低，不符當初工程會退埸之期望。
政府建設組織系統有精簡嗎?
國家級建設規模比台灣大很多的日本，自90年即推動組織改造，將1府22省精簡成1府12省。其中，日本將原北海道開發廳、國土廳、運輸省及建設省4省整合成國土交通省，管轄了國土計劃、都市、道路、建築物、住宅、河川、港灣、官廳修繕、國土測量、交通、觀光政策、氣象業務、災害對策、海域治安等國土、交通、國家基礎建設等業務。事權統一，執行明確，已經運作20年。世界有眾多國家以建設部運作，例如：韓國設置國土交通部，法國設運輸部、新加坡設國家發展部及交通部等。 （相關報導： 風評：10億善款，陳菊的監察院會好好監督？ ｜ 更多文章 ）
公共工程委員會已建立公共工程全生命週期之採購、技術與管理體系，並為工程機關及工程產業界遵循，即行政院組織再造前，政府採購有關工程產業之運作模式，係由業者對應5個機關（工程主辦機關、內政部、行政院工程會、勞工委員會及環保署），並以工程會為主要對口。
