檢方追查中影案，發現在二○○五年十月到十二月間，蔡正元屢次向中投表示正崴董事長郭台強有意收購中影股權，當時中投急於財務調度壓力，高層相信郭的財務實力決定同意出售，蔡正元代表郭台強協商時說，郭為上市公司負責人，涉及非本業轉投資會衍生困擾，要以郭妻羅玉珍以及中影前副董事長莊婉均的名義與中投簽約。
沒想到，隔年一月，中投前總經理汪海清就在內部工作會報中喊出，郭希望用每股六十五元收購中影股權。據瞭解，中投為了釐清價格，還先找中華徵信所鑑定中影旗下三棟大樓（八德路華夏大樓、西門町新世界大樓、中影新世界大樓）的價格，當時鑑價報告的估價至少六十四億元。
檢方強烈懷疑會計師楊忠耕搞鬼
檢方懷疑，中投內部有人「先射箭再畫靶」，先設定每股六十五元，才委託衡平資產鑑定公司出具「中影公司股權交易價格合理性評估報告書」，而鑑定出的股價，竟神準得出每股值六十．八到六十七．二元，再由萬盛會計師事務所會計師楊忠耕出具交易價格複核意見書，完全符合蔡正元預設的價格區間。
檢方認為，光是中華徵信所估計的大樓價格就將近六十四億元，而鑑價報告引用的計算式頗為可疑，加上未全面重估中影資產，還自行減價再打八折。最後只賣三十一億元的價格，嚴重損害中投權益。此外，中投高層疑未詳閱評估報告就簽約，還擅自約定為期三年的分潤條款，逾期不賣樓就不能取得利潤，造成中影土地近年來漲破百億元，中投卻看得到吃不到，必須透過法院追討二十五億元的損失，至今仍纏訟中。檢方痛批主導出售案的中投高層難辭其咎，將追查簽約過程有無涉及背信。其實中投不只在中影案找衡平鑑價，處分中廣股權時居然也是委託衡平，而衡平委託的鑑價人赫然就是楊忠耕。當時楊建議的交易價為每股十六．二九到十九．九一元，股權總價為五十一．八七億元到六十三．三九億元，最後中投以五十七億元成交。特偵組也曾約談楊作證，他強調依據市場價格判斷才出具報告。 （相關報導： 張哲琛指馬英九與三中案無關，陳其邁批「余文第二」 ｜ 更多文章 ）
蔡正元自認遭陷害，拒轉汙點證人
事隔多年，北檢根據其他分析師重新估價的結果，強烈懷疑中廣和中影的估價都偏低，檢方九日搜索中投及衡平，希望取得鑑價報告原始檔案；檢方同步約談楊忠耕作證，他證稱依據專業提供價格區間，絕無違規。但檢方發現，中投與楊忠耕的關係頗為複雜。辦案人員指出，楊從中投高層手上接到中影案後轉介衡平估價，而鑑價報告出爐後，楊再以會計師名義出具複核意見書，以他與中投的熟稔關係，是否具備獨立性已讓人懷疑。而他竟又列名衡平負責人，種種巧合實在啟人疑竇。更令外界訝異的是，楊在三中案後曾出任文炳印刷科技股份有限公司監察人，文炳幕後的代表法人就是中投，雖然楊曾澄清無關鑑價，加上任期短、酬勞微薄，但檢方仍列為重要線索。據瞭解，檢方除了想釐清鑑價過程有無違法，也卯足全力釐清中投內部人是否提供不實鑑價資訊，護航賤價出售三中。此外，針對在押的蔡正元，檢方正積極清查他暗槓中影三億七千萬元的減資款去向，也懷疑他擔任董座的領航基金會帳目不清。檢方已依背信罪收押蔡正元將近四個月。據悉檢方提訊他時，曾提示一份中投製作的中影案內部調查報告給他看，蔡對於中投把責任推給他十分火大。他一再強調當年奉馬英九之命「喬」中影，反咬指控他Ａ錢的中投高層賤賣黨產。他供出許多內幕，檢方曾想策反他擔任汙點證人，但蔡自認遭到陷害，未接受提議。據悉檢方原本預計在羈押期限屆滿前起訴蔡正元，不過內部討論後，考量他匯往香港的金流尚未清查完畢，而基金會的帳目也還需要核對，為了案件的完整性，決定等到三中案調查完畢後再一併偵結。檢方在十一月十三日向法院聲請停止羈押蔡正元，讓蔡得以交保，返家探望剛出生的女兒。
