陸委會特任副主委張顯耀「被請辭」事件，陸委會至今未說明將其調職接受調查的事由。兩岸決策官員透露，張顯耀之所以遭到調查，係因高層就檢舉事證認定張顯耀「逾越談判授權範圍」，嚴重可能導致國家利益甚至國家安全受損；然而張顯耀卻認為，與中方溝通內容均屬於其「職權範圍」，並無不妥之處。兩造對「授權範圍」認定不同，是導致張顯耀決定與陸委會撕破臉的主要原因。
在陸委會指稱張顯耀因家庭因素請辭隔天，張顯耀以簡訊戳破謊言，明指自己遭逼退。在陸委會坦承張顯耀係因遭檢舉而必須接受調查後，張顯耀進一步指控陸委會「無的放矢」，兩造隔空交火，卻都不願說明疑點為何。
兩岸決策官員透露，高層認定張顯耀必須去職接受調查，主因是「逾越談判授權範圍」；據了解，陸續接獲的檢舉內容，涉及協商過程中提及非當次協商議題、向對岸官員提出非規劃的談判內容，以及為台商個案「陳情」等。
尤其會內更傳出，高層懷疑張顯耀接受南部某財團請託，代向中國國台辦官員引薦並疏通在華南的投資，疑有關說之嫌，令高層無法容忍。
然而張顯耀友人透露，張顯耀對此認為，與對岸官員的商談內容，均與台灣關心的議題有關，在廣義範圍內屬於陸委會副主委及海基會副董事長職權範圍，並無所謂「逾越談判權限」的問題，更不可能因此洩露政府底線，或損及國家安全。
張顯耀友人更指出，海基會職務範圍本來就包括協助台商解決經營問題，張顯耀自認未收受好處，並不成立「關說」嫌疑。
據透露，在王郁琦告知張顯耀遭到檢舉，必須接受調查時，張顯耀當場強烈質疑，自認無法接受這類指控。然而王郁琦及國安高層認為，兩岸制度化協商已上軌道，談判主將為陸委會主委王郁琦，談判議題更由國安高層掌控，張顯耀「挾帶」其他議題的便宜行事，顯然已有主客易位的逾矩嫌疑。
會內人士表示，過去在海基會扮演白手套的時代，與對岸商談內容確實有較大模糊空間；所謂代台商陳情，只要不在正式談判桌上提出，私下餐敘以閒談方式觸及，且不要針對特定台商，而以通案情況提出，常對解決台商問題有不小助益。然而在兩岸建立制度化協商管道後，兩岸談判更受到在野黨及輿論嚴格監督，府院高層自然不能容忍關說或挾帶議題的行為出現，也成為張顯耀必須接受調查的主要原因。
