自由經濟示範區主打的5個重點產業中，農業加值恐怕是最受爭議的一項。區內進口原料零關稅、內銷10%以內免營所稅、開放大陸830項管制性農產品，在在挑動台灣農業敏感神經。農民擔憂被犧牲，農經學者和農陣則質疑，農業加值到底加值了誰？是否變成加工業者獲利、農民受害？
國發會規劃的農業加值，希望運用國外充足、低價的原料，結合契作國產安全優質原料、關鍵產製技術與農業研發能量等優勢，推動產業加值發展。不過，台灣農業早已陷於困境，不僅休耕地面積高達2成，糧食自給率也未達3成，自經區所提出的「農業加值」，對農業是否能有效幫助？
自經區特別條例共計73條，其中有5條和農業直接相關。第38條零關稅、第42條開放對中國管制的830項農產品；雖然國發會、農委會都一再保證，自經區加工的原料產品有電子帳證、保稅工廠等管制措施，不會流入國內市場，但是「前店後廠」的設計，讓民眾對於政府把關很有疑慮，無法相信官方說法。
「台灣農產品已經夠好，無論西瓜、香瓜、菜豆等，各種農產品都有能力發展加工，政府從來沒有保護農民，看不懂政府為什麼要這麼做，對農民以及下一代都有很大的衝擊！」來自灣寶的農民洪箱在一場公聽會中說，西瓜可以做成酒，最近下雨西瓜受創，政府原應輔導農民，不但沒有，卻還要開放其他國家的農產品進口加工成為台灣農產品。
更令農民擔憂的是，進入自經區的農產品經過加工後，依照WTO的規定，只需加工價格實質轉型超過35%，即可掛上MIT的標章。比方進口便宜的中國茶葉後，只要包裝價格高一些，輕易就可超過原價的35%，搖身一變成為台灣茶葉擺在銷售架上。在此情況下，業者當然選擇中國茶業，用低廉的成本增加利潤。
宜蘭小農吳佳玲日前在一場公聽會上說出他的心聲：「台灣很多優質的農產品是出自農民辛勤的耕作，現在卻要為進口農產品背書，掛上MIT，有問過台灣農民的意見嗎？」雖然他種水稻，沒受到示範區直接衝擊，但因為擔心台灣農業和農民形象會因為示範區受創，所以挺身出來反對農業加值計畫。
農委會的農業加值政策，怎麼看都是嘉惠加工業者，而非台灣的農民。區內加工業者進口原料零關稅、內銷10%以內免營所稅，大大降低了業者經營成本，但是對於區外、台灣辛苦耕耘的農民，有甚麼利基？台灣非原料生產國，食品加工概念本就違反潮流，台灣農民若能避免因示範區受創就算萬幸，何來加值之有？
