曾指控台北市長柯文哲涉至中國經手器官移植的作家吳祥輝，當時不只在報紙刊登全版廣告，還邀請美國作家來台揭露此事，引發風波。對此，美麗島電子報創辦人吳子嘉批評吳祥輝「爛咖」、「下流」，因而挨告妨礙名譽罪，經台北地檢署調查，今（11）日以罪嫌不足為由，獲不起訴處分。
2018年10月，在《屠殺》一書中指柯文哲器官移植事件的作者葛特曼（Ethan Gutmann），在吳祥輝邀請下來台召開記者會，並公開稱柯文哲是「騙子」；同年9月3日，吳祥輝摘取《屠殺》內文刊登在自由時報上，指控柯文哲帶著病人前往中國接受器官移植。
吳子嘉批吳祥輝「爛咖」挨告 獲不起訴
同年10月，吳子嘉對此在電視節目《年代向前看》中痛批「這是一批非常下流的獨派幹的事」、「找一個爛咖的吳祥輝突然冒出來」，隨後遭吳祥輝控告加重誹謗罪及公然侮辱罪。但吳子嘉出庭稱，由於這種手段故意針對台大醫院，因此他才會以「下流」形容吳祥輝。
吳子嘉進一步說，吳祥輝曾經營選舉公關公司，因自己曾幫吳祥輝介紹客戶，才得知他的抹黑計畫；且吳子嘉認為，吳祥輝當時正是幫柯文哲競爭對手姚文智助選，認為自己的質疑相當合理。
經台北地檢署調查後，發現吳祥輝在登報及記者會花費近500萬元，且他在出庭時也坦言自己經營政治公關公司，收受酬勞幫候選人助選。因此，檢方認為吳子嘉針對吳祥輝接受他人出資、攻擊柯的言論，並非無的放矢；即使吳子嘉無法證明自身言論的真實性，也無法認定這是惡意誹謗，檢方最終以罪嫌不足為由，不起訴吳子嘉。
