巴拿馬與我國斷交後，要求我國在30天內撤館。知情官員17日指出，我國爭取至少有2至3個月的時間處理大使館的產權等問題；此外，台灣與巴拿馬雙方也正朝讓我國設置具商務性質的代表處或辦事處的方向協商，維持實質非官方關係，同時照顧在巴拿馬的長榮、陽明海運等企業及僑胞。
不具名官員指出，我國與巴拿馬雙方仍在就撤館以及改設商務辦事處的事宜進行協商，駐巴拿馬大使曹立傑17日已回台灣，協商由我方代辦負責，我方會將各種因素納入考量，包括巴拿馬的重要戰略地位、照顧我國在巴拿馬投資的企業及300多名僑胞的需求、國家的尊嚴與利益等因素，且這不只是台灣與巴拿馬的雙邊關係，還要考慮到對我國在該地區與其他邦交國的關係等等。
巴拿馬外交部：希望在巴拿馬和台灣設立商務辦事處
兩國斷交後，巴拿馬外交部政務次長因卡皮耶（Luis Miguel Hincapie）13日指出，希望在巴拿馬和台灣設立商務辦事處，以維繫雙邊貿易關係。我國官員說，巴拿馬官方私下也曾向我國表達這樣的意願，雙方正協商中。
總統蔡英文在斷交後發表的聲明中提到，外交部駐巴拿馬的相關人員，會堅持國家利益到最後一刻，有尊嚴地結束任務。蔡的這段話引起藍營的批評，前外交部次長沈呂巡曾說，不應悲壯自殺，應留著爭取兩岸平等地位。綠營內包括前副總統呂秀蓮也說，不應再有「漢賊不兩立」的思維，跟中國建交的國家也可以跟台灣做朋友。而知情官員則說，總統提及尊嚴結束任務，指的是大使館的階段；政府正朝爭取設置商務辦事處的方向努力。
至於協商進行的狀況，官員說，巴拿馬協商代表目前的回應是，還要請示高層，我方會秉持平等互惠、確保國家尊嚴及利益的原則處理。另外，關於我國與巴拿馬簽訂的《自由貿易協定》，官員說目前仍有效，包括這項協定在內的兩國之間協議要如何處理，外交部條約法律司正在研議中。
