馬蘇會不歡而散，蘇要求馬修改「鳥籠公投法」，馬反唇相譏是2003年扁政府通過立法，民進黨要負最大責任。當晚政論節目，民進黨代表都說是因為朝小野大，不得不通過國親聯盟版本。這種說法固然屬實，但恐怕只說出部分歷史真相。
民進黨早在1991年黨綱就納入「以公投決定台灣的國土區域與國際地位問題」，蔡同榮更早在1990年成立「公民投票促進會」，旨在推動直接民權，包括以台灣名義加入聯合國。1990年代在立法院，民進黨不斷提出各種版本的「公民投票法草案」，但提案均未通過。最有名的是蔡公投版本，強調「完全不設限」，允許人民就主權、領土、國號、國旗、國歌等進行公投。
但推動公投運動的力量，並不只局限於統獨議題，同時也包括反核運動。1991年林義雄成立「核四公投促進會」，並從1997年起舉辦多次核四公投千里苦行，使公投運動找到另一個著力點。林義雄的核四公投理念，立刻得到當紅的台北市長陳水扁支持。1996年3月，扁曾在台北市舉行核四公投，據稱投票率約58%，反核占53%，但當時尚無公投法，在法律上無效。
1998-2000年林義雄擔任民進黨主席，大力輔選陳水扁參選總統，2000年扁當選之後，決定力推公投法回報林義雄，但因為朝小野大，始終無法如願。2003年6月國民黨決定反守為攻，不願再受困於「不讓台灣人民決定台灣前途」的反民主指控，改變立場轉向支持公投，公投立法突然得到轉機。
2003年11月，朝野總共提出三個《公民投票法》版本：民進黨行政院版、國親聯盟版、蔡同榮「不設限」版。11月27日進行表決，蔡同榮在當天清晨突然表示撤案，呼籲大家支持行政院版，但程序作業已經來不及。表決結果如下：在210名立委中，行政院版95票贊成、115票反對；蔡同榮版175票棄權、14票贊成、1票反對；兩個版本都被否決。當時民進黨立委有80席，台聯立委14席，顯然行政院版得到民進黨+台聯共同支持，蔡同榮版只得到台聯支持。
當時在表決現場，面對蔡同榮「不設限」版被國、親、民三黨聯合棄權封殺，台聯黨團立刻頭綁紫色布條，抗議通過「鳥籠公投」，民進黨對行政院版無法通過，也表示「深感遺憾」，還痛罵國親聯盟版「完全失去公投真義」、「台灣人沒有尊嚴」！最後通過的公投法，不但訂出雙重二分之一的超高公投門檻，還把創制權限縮在「立法原則」和「重大政策」，不包括「法律」和「憲法修正案」，亦即人民並不能透過公投法來主動創制憲法，只能被動複決立法院通過的修憲案，等於否定了人民發動統獨公投的可能性。
倍感失望的蔡同榮，在會後記者會痛批：「民進黨竟然正式舉牌棄權，最後只有14票贊成。民進黨攻擊人家（國親聯盟版）是『鳥籠公投』；但人家現在要讓你投票，鳥籠門打開了，你又不敢飛出去」。蔡對民進黨前倨後恭的挖苦描述，堪稱經典之言。
通過國親聯盟版的公投法之後，民進黨儘管高聲表示不滿，但扁政府並未提出覆議，2003年12月31日，陳水扁總統簽字公布《公民投票法》，台灣成為東亞第一個擁有公投法的民主國家。諷刺的是，扁還把他簽字《公投法》用的筆，送給蔡同榮當做紀念。
2013年3月14日，陳茂雄教授發表「公投法及立委選舉制度困死綠營」，坦率指出「若不是民進黨積極推動『公投立法』，台灣不可能出現『鳥籠公投法』；民進黨真的有夠笨，認為自己的版本可以闖關。立委選制不公，票票不等值，除非國民黨崩盤，否則綠營立委席次難以過半，綠營當然沒有機會讓公投正常化。最可笑的是，目前的立委選制還是民進黨與國民黨合作推出。新的立委選制票票不等值，國民黨佔了天大便宜，民進黨吃了大虧，民進黨拿石頭砸台聯，結果把自己的腳砸爛了」。吊詭的是，民進黨不管是推動公投立法或推動立委選制變革，主要壓力都來自林義雄。
民進黨對公投法的前倨後恭，明顯受制於美國壓力。美國固然樂見台灣民主化，但並不樂見台灣民主受制於由下而上、難以掌握的民粹運動，尤其對於可能導致統獨公投的人民制憲運動，更期期以為不可。2003年民進黨一度支持蔡同榮版公投法，美國即表示「一旦公投不設限，導致兩岸爆發戰爭，美國不一定會派兵參戰」，藉此向扁政府施壓。
公投法通過之後，扁政府仍根據第17條「防禦性公投」條款（當國家遭受外力威脅，致國家主權有改變之虞，總統得經行政院會之決議，就攸關國家安全事項，交付公民投票），於2004年3月連同總統大選，舉行台灣首次公民投票，台海情勢突然又陷入緊張。
當時美國立即反應，表示「反對任何可能改變台海現狀的公投」。這是美國首次用「反對」而非「不支持」字眼，表明美國對台獨公投的明確警告。扁政府在美國壓力下，不得不把公投題目改為缺乏實質意義的「強化國防」（如果中共不撤除瞄準台灣的飛彈、不放棄對台灣使用武力，您是否贊成政府增加購置反飛彈裝備）和「對等談判」（您是否同意政府與中共展開協商，推動建立兩岸和平穩定的互動架構）。即使如此，2004年首次公民投票，儘管兩案分別得到91.8%和92.1%同意票，但仍在國親聯盟發動「不領票」抵制下，因為兩案投票率分別只有45.17%和45.12%，未能超過全體投票人半數，因此在法律上無效。
事實上，美國對台灣的掌控，不只針對攸關改變台海現狀的公投法，還包括攸關台灣能源與軍事佈局的核電計劃。從1970年啟動核一，到1980年核准興建核四，背後都是美國政府主導，其中核一核二都是美國奇異公司得標，核三則由美國西屋公司得標。
核一廠1971年開始施工，1978年開始商轉；核二廠1974年開始施工，1981年開始商轉；核三廠1978年開始施工，1984年開始商轉。唯獨核四廠早在1980年就核准台電興建計劃，但一路走走停停，直到今天還沒完工。
核四一路走來始終跌宕，主因有二：首先是1979年1月美國正式與中華人民共和國建交，台灣頓失國際依靠，不得不把對外重大採購當成外交籌碼，除了武器採購之外，台灣也把核能+航空+高鐵等巨額採購，納為外交談判籌碼。
其次是1987年台灣解除戒嚴啟動民主化，使民進黨登上角逐執政的歷史舞台，改變了台灣長期的擁核政策，核四首當其衝，成為政黨競爭的祭品。
1980年核准核四興建計劃之後，隨即在1982年8月17日，美國公佈震撼台灣的「八一七公報」，首度表示「美國不尋求執行一項長期向台灣出售武器的政策，準備逐步減少對台灣的武器出售，並經過一段時間導致最後的解決」。消息傳來，蔣經國總統大為憤怒，立刻在1983年指示台電暫緩動工，還進一步在1986年停止動支核四預算17億元。
1988年蔣經國去世，李登輝繼任總統，為了制衡美國將逐步減少對台軍售，李決定將重大採購轉向法國，其中包括台北捷運木柵線採取法國馬特拉系統、海軍採購拉法葉戰艦、空軍採購幻象2000等等。美國眼見台灣轉向法國，不得不在1992年9月，由參選連任的布希總統宣佈將出售台灣150架F-16戰機，總金額高達60億美元，這是美國有史以來對台灣的最大單筆軍購案。
就在美國與台灣談判空前巨額的軍機採購期間，1992年2月，李登輝通過恢復核四計劃，並於1996年5月確定核反應器及核燃料工程，再度由美國奇異公司得標。
2000年政黨輪替後，美國擔心核四可能生變，不斷透過在台協會與朝野政治要角溝通。根據2011年9月曝光的維基解密，其中包括2005年3月1日題為「Taiwan: Prospects for GE Nuclear Power Plant」（奇異核電廠在台情勢研判）編號05TAIPEI846電文，指出扁總統在2004年連任之後，已經不須再操弄反核語言，加上2005年2月16日京都議定書生效，時任中研院院長的李遠哲也以減碳為由支持核四，行政院多位高官也開始公開支持核四完工，包括新任行政院長謝長廷、經濟部長何美玥等人，謝還私下向AIT官員表示，他會設法和具有影響力的反核人士，以及前民進黨主席林義雄溝通，說明民進黨的非核政策並未改變。
電文還表示，為了應付輿論，經濟部已在2005年6月，以尋求共識為由，舉辦全國能源會議，部分高層早已內定擁核結論，包括核四續建至完工、撤銷2001年提案的核一二三提前除役政策。AIT因此判斷，核四完工所需的預算和政治支持，應該不成問題。
電文甚至指出，當時才剛離職的新潮流資深幹部、前民進黨副秘書長鍾佳濱還向AIT表示，民進黨早在2004年12月已有明確決定，要和反核人士分道揚鑣，並表示部分民進黨高層認為，和國會多數的在野黨合作，比迎合反核民意還要重要。
維基解密所透露的民進黨核四轉向秘辛，正凸顯出從1980年提案至今仍然難解的核四，始終是朝野兩大黨的歷史共業。台灣長期受制於美國壓力，這次總算因為林義雄絕食事件，逼出核四公投的朝野共識，但台灣最後能否頂住美國壓力，落實不商轉核四、乃至停建核四，未來仍有待歷史證明。
