服貿協議未了，立法院又審議「自由經濟示範區特別條例」草案，再度觸動兩岸協議的敏感神經。立法院在四月舉辦五場公聽會，果然引起更多可能衝擊台灣農業、醫療體系、野生動物保育制度、擴大土地徵收的爭議。
由國家發展委員會推動的自由經濟示範區(簡稱自經區)，是希望在區內透過法規鬆綁、簡化程序、租稅優惠，營造更進一步的自由化經濟。而雖說是「示範區」，但從條文授權很寬來看，真正的政策目標恐怕是讓台灣全面變成自由經濟區。
一國的經濟自由化要做到什麼程度，必須考量社會公平並維護體制。自經區特別條例之所以引發爭議，就是無法說清楚這兩項疑慮，主要爭議如下：
一、關於「農業加值」
特別條例第42條規定，「供示範區加工、修理、檢驗、測試、儲存的貨物」可以輸入原本依《台灣地區與大陸地區人民關係條例》禁止輸入的中國農產品。也就是說目前管制中國進口的830項農產品，未來將透過專案申請方式擴大進口。
農委會認為這會把餅做大，廠商會擴大使用台灣農產品加工。但問題是，自經區享有多項進出口租稅優惠、國外農產品又比台灣便宜，業者基於成本考量，會不會反而多進口國外農產品，而減少使用台灣農產品？
這樣的疑慮的確是存在的，農委會不能只以「台灣農產品風味獨特難以取代」、「不是每個廠商都要用便宜農產品」、或是「會嚴加審核，不會讓可能損害國產農業的產業進駐」這種口頭承諾就以為可以化解疑慮。必須提出衝擊評估，並在條例中明確訂定預防機制，例如承諾區內應使用一定比例的國產農產品等等。
二、關於「國際醫療」
自經區重點產業之一「國際醫療」，排除醫療法規定，開放國外資本投資並擔任董事，而且可進用外籍(不含中國)醫事人員，國內醫師可在限定時數下到自經區看診。開放的醫療項目包括醫美、健檢、重症醫療、以及非緊急手術。
衛生福利部部長邱文達認為這有助於帶動生技、製藥、醫材等產業，因而產生的經濟效用可以挹注健保與部分醫事人員薪資。國發會主委管中閔則說，國內醫師長期付出與所得不成比例，國外都在發展國際醫療，長期下來人才會流到薪資合理的地方，自經區至少可以把人才留下來。
但問題是，如果只開放醫美、健檢項目，搭配觀光與購物行程，對國內醫療體系的影響就不大。但現在預計開放的還包括心導管與一般定期性關節置換手術、部分換腎換肝移植手術，這些涉及的醫療就複雜多了。
而在「前店後廠」的設計中，未來自經區內的病人一旦有需要，一定會後送到台灣醫學中心就診，這些VIP級的自費病人將享有優先就醫權。如此一來，國內本來每天就所剩不多的急症床位就會被占滿，台灣民眾的醫療權益可能受損。
