到了1945年1月，不只是馬里亞納群島戰役已經以美軍勝利宣告結束，雷伊泰灣海戰同樣也獲得空前成功。為了支援美軍對仁牙因灣的登陸作戰，並進一步反攻收復呂宋，美國海軍第38特遣艦隊再度來襲台灣。由成都起飛的B-29轟炸機又被動員執行1月14日空襲嘉義、台中、花蓮，還有1月15日與1月17日空襲新竹的任務。
完成了對台灣的最後三次空襲行動後，第20轟炸機司令部從成都的前進基地撤出，往印度方向集中並將攻擊方向轉往新加坡、馬來亞與印尼等東南亞的軍事目標。第20轟炸機司令部於1945年3月離開印緬戰區，飛往馬里亞納群島與第21轟炸機司令部會師，共同以日本本土為目標實施地毯式轟炸，為「馬特杭行動」畫下句點。
B-29由中國戰場起飛空襲台灣，不只是在政治上彰顯了中華民國對台灣的主權，也在軍事上讓國軍能參與到盟軍對日本的打擊行動。來自美國海軍官方的資料顯示，第38特遣艦隊在空襲台灣的過程中，透過梅樂斯（Milton E. Miles）與戴笠將軍領導的中美合作所與第20轟炸機司令部保持協調，防止美國海軍艦載機把B-29當成日機擊落的悲劇發生。
對台灣的轟炸，理所當然激勵了中國人的軍心士氣。重慶的《中央日報》、《掃蕩報》、《大公報》與《新華日報》，都引用中央通訊社的報導刊登了B-29空襲台灣的消息。過去包括蔣中正在內，沒有中國人膽敢奢望還有機會收復台灣。如今B-29的登場，確實大幅增加了台灣與澎湖重歸中華民國的可能性。受到激勵的當然不會是只有國民黨，共產黨同樣也是！
第一次《告台灣同胞書》
儘管中國共產黨在抗戰爆發前，曾依循共產國際指示支持台灣獨立運動，但是在開羅會議後，這個立場隨著台灣與澎湖回歸中華民國的大局底定而被徹底扭轉。中共的任務不在是支持台共黨人成立台灣人民共和國，而是讓台灣回歸中華民國後，結合兩岸共產黨人的力量建立一個大中華人民共和國。所以在對待台灣主權的立場上，中國共產黨表現的比國民黨還要強硬。
延安理解到，美國終究不像英國那樣能跳躍意識形態的鴻溝，放心把中國交給仍服膺於蘇聯的中共統治。無論戰後的美國是否還會一如戰時那般大力支持國民政府，最終美國都將難以避免成為中共的敵人。所以美軍對台灣採取包括轟炸在內的軍事行動，其實是中共所不樂見的，因為最後的受益者必然是將接收台灣的國民政府。
然而戰時的中共沒有實力推翻日本對台灣的殖民統治，而且老大哥蘇聯與美國又是共同打擊納粹的盟友，外加國民政府因為領導抗戰又收復台灣，在大陸民眾心中獲得廣大人民群眾的支持，共產黨在這個議題上還是要採取支持盟軍的立場。共產黨與國民政府一樣，都主張台灣與澎湖主權在戰後回歸中國，也都反對國際託管派的主張。
