前副總統呂秀蓮在新著《非典型副總統呂秀蓮》中透露，當年520就職日前夕，前總統陳水扁在宣布新任閣揆人事的十分鐘前才臨時向她告知此事，阿扁在選舉時常說的「共參國政」，自此讓呂秀蓮深覺幻滅。呂秀蓮更透露，李登輝因為和連戰交惡的經驗，曾在陳水扁當選後登門請益時，耳提面命務必提防副總統。
呂秀蓮回憶，當年520前的某天下午，陳水扁推開她辦公室門匆匆而入，突然告知新任政府的首位閣揆人選已定，將請國防部長唐飛出任行政院長，此事讓呂秀蓮有所感慨，「選舉的時候我跟你南征北討、分進合擊，如今這麼重要的閣揆人選，你要開記者會前10分鐘才告知我。」呂秀蓮說，她想起扁在選舉常說的「共參國政」，從此幻滅。
扁原屬意李遠哲 拒後才接受唐飛
雖然閣揆任命屬於總統職權，但究竟是誰出的主意，仍讓呂秀蓮深感好奇。據她回憶，長榮集團已故總裁張榮發曾在選戰末期，邀請他們到家中作客，張榮發當時興沖沖表示，「當選後行政院組閣的人選他都想好了，你們只要努力衝刺就可以。」這番言論讓呂秀蓮覺得他彷彿是「King Maker」。
然而根據陳水扁所寫的《世紀首航》一書，想到邀請唐飛組閣的是阿扁本人，他的第一人選原是中央研究院院長李遠哲，更早之前，阿扁甚至甘屈副手，力促李遠哲選總統，但李遠哲堅持不就。當選後，扁、呂感謝李遠哲在投票前夕的支持，力邀他出任行政院長，但李長考後仍婉拒謝絕，最後才接受唐飛。
李登輝的不愉快經驗 影響扁、呂關係
談及副手地位，呂秀蓮指出，前總統李登輝對副總統連戰的不愉快經驗傳承給了陳水扁，她和阿扁的關係因此深受影響，這是她自己未曾料到的因素。
她說，李登輝在蔣經國晚年出乎意料擔任副總統，當時正值戒嚴時期，一位本土台灣人副總統自然不可能獲得來自中國的蔣經國信任。李登輝當上總統後，為了安撫外省籍的國民黨人，因此任命外省籍的李元簇為總統，李元簇為取信李登輝，曾對外表示自己要做個「沒有聲音的副總統」，４年之間，他果真成為一位無聲無息的副總統。
1996年總統民選，李登輝與時任行政院長連戰搭檔參選，當選後仍兼任閣揆，李登輝也對連戰信賴呵護有加，呂秀蓮說，「連戰不再無聲無息，而是有聲有色。」然而4年之後，連戰競選總統失利，立即翻臉批鬥李登輝，逼他交出國民黨主席的棒子，兩人反目成仇，李登輝也因此被國民黨掃地出門。
呂秀蓮透露，李登輝曾在陳水扁當選後登門請益時，耳提面命務必提防副總統，包括不能讓副總統批公文，總統出國時也不必讓副總統暫代。
呂秀蓮說，李登輝時代，連戰不能參加國安會議及大小軍事會談，甚至經過總統辦公室時還得退離一段距離；相形之下，她能參加國安高層會議，出席每月一次的大軍事會談，後來幾年還可以每週與總統共進用餐，也算不錯。 （相關報導： 「如果沒有我...」 呂秀蓮：2000年政黨輪替可能不會實現 ｜ 更多文章 ）
但另一方面，相較於嚴家淦、連戰得以副總統兼任行政院長，實際享有行政大權治理國家，李登輝甚至在九二一地震後任命連戰擔任救災總督導，讓他擁有數千億元救災基金的指揮調度權，這點則讓呂秀蓮「自嘆弗如」。
