行政院院會上周通過《工廠管理輔導法》修正案，將低污染的農地工廠「就地輔導」的輔導時間，從2020年遞延10年，不過，該方案公布迄今，外界評價不一，行政院政務委員張景森一句，「農地工廠就像一個人臉上總是會有幾顆青春痘一樣」也惹怒環團。內政部營建署署長吳欣修強調，跟舊版的《工廠管理輔導法》相比，新版方案更強調問題的解決，新法上路後，政府將貫徹農地工廠「灌排分離」精神，除了落實污染工廠斷水、斷電之外，中央也將強制要求地方政府，透過農地重劃等方式協助拓寬農地工廠聯外道路，各縣市農田水利會明年改官派後，也將善盡灌溉渠道管理人之責，阻卻潛在污染責任人。
台灣農地工廠問題嚴重，但各縣市政府迄今對於農地工廠，仍未充分掌握全貌。為了將農地工廠全面納管，經濟部方面已編列7000多萬預算，補助各縣市政府，完成境內農地工廠家數、區位與生產型態之普查。經濟部要求，各縣市政府必須在10月以前完成農地工廠的全面盤點。
經濟部：新版「特目」設計就是為了解決污染問題
經濟部次長王美花表示，全台3萬8000家農地工廠，其實只是「推估數」，先前係由農委會以衛星遙測技術，評估農地工廠面積為1.4萬公頃，農地工廠的量體這麼大的，要花多少時間全面合法化，現階段很難評估，儘管如此，新版《工廠管理輔導法》特定目的事業用地（簡稱「特目」）制度的設計，就是為了要將農地工廠全面納管，解決污染問題。
王美花表示，過去9年，儘管已經有7000多家農地工廠向經濟部完成臨時登記，但完成合法化的工廠只有10家；農地工廠合法化速度緩慢，問題的癥結，除了農地工廠無法滿足1.5公尺隔離綠帶、聯外道路必須達8公尺、10公尺等規定外，農地工廠申請個案區域計畫變更，必須繳交50%的土地回饋金。
為了避免重蹈過去9年，農地工廠「就地輔導」工作「只做一半」的覆轍，王美花表示，由於既有法規過於嚴苛，內政部在新版的《工輔法》上路後，將在「公安與環境保護」前提下，適度檢討都市計畫與區域計畫相關法規，「否則永遠沒辦法解決。」
新舊版輔導方案最大差別在「強制納管」
吳欣修表示，新版農地工廠就地輔導方案，和舊版最大的差別，在於新版方案將採取「強制納管」原則；另外，為了避免農地工廠廢水，污染比鄰農地，新版方案將貫徹「灌排分離」的原則。
吳欣修表示，過去9年，農地工廠申請合法化，所面臨的最大困難《特定地區整體變更編定作業要點》，所規定「隔離綠帶」與聯外道路的寬度規定，由於農地工廠所在的農業區，聯外的農路寬度僅4、5公尺，為了協助農地工廠合法化，新版《工輔法》上路後，農委會將要求縣市政府，透過農地重劃，或是區域計畫變更方式，協助農地工廠的聯外道路拓寬。
解決廢水排放 農委會將貫徹「灌排分離」
有鑑於目前多數農地工廠，係透過私接排水管方式，將廢水排入灌溉溝渠等地面水體或是打入地下水，部分縣市農田水利會甚至向大型工業廢水排放大戶收取費用後，將處理後之工業廢水，提供給下游的農民使用。為了解決農地工廠的廢水排放問題，農委會未來也將編列預算，貫徹農地工廠的「灌排分離」。
農委會農田水利處副處長陳衍源表示，行政院自2013年起，推動「灌溉用水保護方案」，目前該方案已經進入第二期，針對各縣市水利會農業大排，工業搭排戶較多之台中、高雄、彰化、桃園、雲林及新竹等6個縣市政府，成立專案小組平台，由農田水利會協助提供「渠道用地」，作為施設廢水排放專管，灌溉溝渠沿線之農地工廠，排放之廢水若有重金屬疑慮者，將要求搭排管線，分年分階段改排。
陳衍源表示，全國農田水利會明年10月將正式改制為準公務機關，改制後，將善盡灌溉渠道管理人之責，避免灌溉溝渠沿線之農地工廠之非法搭排行為，並且輔導農地工廠之搭排廢水，符合「放流水標準」，一旦發現搭排戶，排放超過灌溉用水水質標準之廢水，將第一時間通報環保機關。
新法上路後，「農路拓寬」責任轉交地方政府
另外，在農路拓寬上，吳欣修表示，由於農地工廠申請地目變更為合法建地，其繳納之「回饋金」，係繳入農委會「農業發展基金」，由各縣市農政單位專款專用，在《工輔法》新法上路後，農地工廠聯外道路之拓寬，也將落在農政單位手上。
吳欣修表示，新版《工輔法》上路後，行政院將要求縣市政府，針對境內群聚與非群聚之農地工廠，提出解決方案，包括透過農地重劃、區域計畫變更等方式，協助農地工廠聯外道路之拓寬。
吳欣修強調，過去縣市政府在處理違章農地工廠時，常常忌憚民意代表之關說，不敢執行違章工廠之斷水斷電與拆除，新版《工輔法》上路後，行政院方面已經責成台電與台水，要求2家公司落實未納管違章工廠之斷水斷電，未來如果針對境內群聚與非群聚之農地工廠，縣市政府如果不提出合理改善計畫，內政部、經濟部將以減列補助款方式予以懲罰。舉例來說，如果縣市政府不積極輔導境內之群聚之農地工廠，協助辦理農地重劃或區域計畫變更，卻申請將境內其他農地，變更為產業園區，經濟部與內政部將會予以駁回。
