在陳水扁總統的時代，從其就任第一天開始，到八年後卸任為止，民進黨都沒有在國會中掌握多數席次。在第四屆和第七屆立法院和陳總統任期重疊的期間（2000/5-2002/1，2008/2-2008/5），由於國民黨在立法院中據有過半的席次，因此反對黨掌握國會無庸置疑。在第五和第六屆立法院中（2002/2-2008/1），由於藍營的分裂，民進黨成為國會中的最大黨，分別佔有225席中的87席與89席，比其他個別政黨都多，但是一方面沒有過半，一方面國民黨、親民黨與新黨等泛藍政黨在這兩屆國會當中分別佔有115席與114席，均超過國會席次的半數，並且較民進黨、或民進黨加上台聯黨的泛綠席次（100席與101席）為多，因此在第五和第六屆的立法院時期，國會仍然是由反對黨所掌握的。由於國會由反對黨控制，而總統卻依己意任命行政院長，並從而掌握政府，因此造成了少數政府的情況，並帶來了府會間的劇烈衝突。
府會不一致所造成的結果似乎清楚可見。從1997到2000年，當府會還處於一致狀態之時，內閣的平均存續時間是990天，但是到了府會不一致時期，內閣的更替頻繁，平均存續時間變成只有486天。就法案通過的情況而言，如果觀察剛好處於由府會一致轉成府會不一致的第四屆立法院，會發現其第一與第二會期（1999/2-2000/1）通過了政府所提304件法案中的221件，通過率為72.7%。然而到了同一屆立法院的第三與第四會期（2000/2-2001/1），在政府所提的470件法案當中，只有180件獲得通過，通過率降到只有38.5%，約為府會一致時期的一半。另外一個可以觀察的現象是政府在記名表決中的獲勝率。同樣在第四屆立法院時期，政府可以在府會一致時贏得180次記名表決中177次的勝利（獲勝率98.3%），但是到了少數政府與府會不一致時期，政府在96次記名表決當中只能贏得33次的勝利（獲勝率34.4%）。後者的獲勝率僅有前者的三分之一。總體而言，政府無法藉由立法來實現其政策目標，而反對黨則透過杯葛政府法案來達到弱化行政部門政績的作用。就具體事例而言，民進黨長期主張廢除核四，又要求以特別預算來採購美國所提供的武器，但是兩者都被反對黨所杯葛，而無法推動。總體而言，在八年的少數政府時期，反對黨無法迫使總統在內閣的人事任命上尊重國會多數，而總統則無法在法案的推動上獲得國會的支持，從而形成一種相互否決的情況。此類狀況就是半總統制研究中認為可能會導致府會劇烈衝突、甚至造成民主崩潰的情境，不過台灣通過了這個嚴峻的考驗，成為總統優越體制中的異例。
