社會各界對於馬政府在第二任期中之種種施政不當與社會抗爭事件進行檢討，多有認為與現有之憲政體制設計不良相關，因而引發新一波的修憲風潮。一般論述認為總統權力過大，一方面掌控行政，一方面又以執政黨主席的身份控制黨籍立委，強使其支持總統所欲通過的爭議性法案，最終導致社會的抗議風潮。總統有權無責，而行政院長有責無權。因此追本溯源，應該限制總統的獨斷權力。在此即彰顯了半總統制的總統優越型體制在府會一致時所可能造成的影響，而成為反省與修正現制的重要理由。
總統優越制除了府會一致時權力太大、府會不一致時易生僵局之外，還有一個重大的問題，那就是總統和總理之間的關係不易處理。由於半總統制總是有兩軌爭議，而這兩軌就是代表兩種總統和總理之間的關係，因此兩位國家最高領導人之間究竟應該如何相處，就成為此種體制中揮之不去的問題。我國雖然在實踐上採用了總統優越的運作模式，由總統單獨地任命行政院長，並使其對總統負責，但是這和憲法的規定並不相符。我國的行政院長為最高行政首長，並對立法院負責，雖然在1997年修憲之後，可由總統直接任命，毋須立法院的同意，但是行政院長本身的憲政角色並未改變，因此從法理面而言，自可強調「內閣制軌」方為主軸。特別是總統縱使能夠獨力任命行政院長，但是憲法並未給予總統免除行政院長職位的權力。在1997年修憲之時，國民黨與民進黨均不贊成給予總統對行政院長的免職權，因此最後通過的修憲版本是給予總統對閣揆的「任命權」，而非「任免權」。因此日後所發展出來的總統任免行政院長的憲政實踐，實在是違反了當時修憲的本意。故而從法理上來說，行政院長既為最高行政首長、對立院負責，又非總統所得任意免職，因此實不應對總統負責，而「總統優越」的憲政實踐，也在法理規範上有其瑕疵。
由於憲法並沒有明確規定總統和行政院長之間的關係、而在實務上總統卻常自居於行政院長的長官，因此二者之間如何相處互動，遂成為憲政體制當中極為關鍵的樞紐，和政府是否能夠順暢運作有很大的關聯。在我國憲法當中，總統並不參加內閣會議，無法直接號令各部，其決策權主要是集中於國家安全領域，並搭配有國家安全會議（憲法增修條文第二條）。如此說來，總統主導國安相關部門，而與行政院長有所分工是合理的安排，那將會把我國的運作模式導向「分工妥協」，而不是「總統優越」。但是由於在實際政治運作上，總統透過任免行政院長的權力而掌控大局，因此實質上是最高的決策核心。這就使得總統的權力和制度的設計不對稱，總統和行政院長之間的關係也和他們的憲政角色不相符。由於總統不能主持內閣會議，缺乏常態性的政策決定機關，因此勢必需要透過政黨、黨政平台或其他的非正式機制來進行決策，甚至直接一對一地指令部會首長，而此類的渠道較為缺乏規範，因此對於決策的制度化和透明化都產生了不利的影響，並且嚴重地侵犯到內閣中行政院長和部會首長之間的政治倫理，從而影響到總統和行政院長之間的關係。不論是在馬總統的府會一致時期、或是陳總統的府會不一致時期，都五易閣揆，使得政府的平均壽命僅有一年四個月，這對於施政的計畫性、持續性和穩定性都是不利的。
