民進黨籍副總統參選人陳建仁16日9點10分前往台北市中正國中投票，原先預計9點抵達，不過因為國民黨籍副總統參選人王如玄也在同一投票所投票，似乎為避免強碰，所以延後了抵達投票所的時間。同樣被問到關於周子瑜事件，陳建仁力挺周子瑜舉國旗：「中華民國國民舉自己的國旗應該是值得驕傲的事情！」
陳建仁一早偕同夫人羅鳳蘋到中正國民中學投票，因為與王如玄同投票所，雙方幕僚決定錯開10分鐘，避免有強碰的情形發生。而被問到陳建仁心情如何，陳建仁受訪時笑容滿面表示，心情很好，上午與太太望彌撒，祈禱台灣國泰民安、風調雨順。同時也感謝天主賜給他平安與喜樂。而羅鳳蘋也表示，已將選舉的結果交由天主決定，最重要是希望台灣在這次選舉平安，大家都希望幸福。 （相關報導： 蔡英文：拿中華民國國旗表達國家認同，不該被打壓 ｜ 更多文章 ）
而被問到關於周子瑜拍攝影片道歉的事情，陳建仁深表遺憾，他認為黃安同樣是我們同胞，居然是檢舉這件事情，讓人相當遺憾。同時也力挺周子瑜舉國旗的行為：「中華民國國民舉國旗，是值得驕傲的！」
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