不過，有關執行調查、調閱權單位權限，在民進黨團版本中，則主張僅得要求機關或機構提供參考文件，且不得侵犯其他國家機關獨立行使職權的權力、行政首長就特定機密的行政特權，更不得對訴訟裁判確定，或訴願事件尚未明確前的處置及卷宗行使調查或調閱權，並提出得經委員會或小組決議，展延或限縮受調查機構提供文件的期限。
若國會行使調查權的單位不願配合、隱匿或拖延，民眾黨團主張開罰3至30萬元罰鍰，不服者可在2個月內向高等行政法院提出行政訴訟，國民黨團則提議處1至30萬元罰鍰，且得按次連續處罰，楊瓊瓔則主張處20萬以下罰鍰；但民進黨團主張維持現行法規，僅得移送監察院，依法提出糾正、糾舉或彈劾。
對於國會調查權的行使，周萬來於書面報告提醒，各黨團及立委提案，多認為行政首長的行政特權，或政府機關受《憲法》保障的獨立行使職權，得列為拒絕證言或提供資料的正當事由，但相關爭議處理方式卻尚未明定，為減少未來行使調查權產生衝突與疑義，或可考慮規範爭議處理方式；而不配合調查的處罰，立法上若以刑事罰，恐抵觸釋字第585號解釋，可考量區別單純不陳述遲滯調查或誤導調查的輕重情狀，就故意誤導調查進行者，予以高度罰鍰。
聽證會討論什麼？藍提人事同意案 綠白另有主張
關於國會聽證制度，依國民黨團提案，無論是各委員會或調查小組議案，及院會為補選副總統、彈劾總統副總統或審查行使同意權案，皆得舉行聽證會，民眾黨團則主張聽證調閱委員會或小組，得就特定議案要求相關人員到會備詢並提供參考資料；但在民進黨團版本中，調查委員會僅得經院會就「憲法賦予裡法院之職權有重大關聯者」決議成立，且除資料調閱，僅得舉行調查公聽會，邀集機關、機構或學者專家表達意見。
在人事同意權方面，相較國民黨團提出開聽證會，民眾黨團提議舉行公聽會，並得邀請政府官員、學者專家及民團代表等相關人士出席證言、表達意見或提供資料，民進黨團也主張可邀外部人士參與，輔助立法院行使人事同意權；不過，被提名人是否需接受詢答，國民黨、民眾黨團均主張需要接受立委質詢，民進黨團則似乎無類似提議。
針對人事同意權的程序及表決門檻，藍白皆主張應交付相關委員會審查，並在院會表決時應採記名投票，經全體立委的半數同意才為通過，且民眾黨團主張審查過程不得少於2個月並應舉行公聽會，國民黨團則主張審查不得少於1個月並應舉行聽證會；民進黨團版本，則以《憲法》與法律層次區分表決門檻，前者為全體立委的半數同意才通過，後者為出席立委半數同意即為通過，公聽會則採「得」召開。
周萬來於書面報告說明，現行法規僅對憲法位階人事同意權的程序有所規定，法律位階通常由常設委員會以出席立委過半數為通過，記名或不記名各有利弊，外國也都有法例，尊重立委合議後的立法選擇；而人事同意權案是否需明定辦公聽會或聽證會，外國法例不一，兩者效力也不同，是否舉辦屬議會自制，尊重立委合議決定是否法制化。 （相關報導： 國會改革》吳宗憲暴怒！首次在質詢台大動肝火 重批政院副秘違憲說「牛頭不對馬嘴」 ｜ 更多文章 ）
增訂藐視國會罪？白相對溫和 藍委翁曉玲最嚴苛
至於出席聽證會、公聽會時若說法不實，在野黨團進一步提出「藐視國會罪」的處罰，並將官員答詢超出質詢範圍、反質詢，或詢答時隱匿所知或明知不實仍虛偽陳述等，也包含在觸犯藐視國會罪的處罰範疇內；但在民眾黨團版本，僅對出席聽證會或人事同意權案的公聽會時，觸犯相關狀況才會開罰，若在平常詢答時反質詢或實問虛答，僅以主席制止並要求真實且完全答覆作為手段。
