反抗毛澤東的清算鬥爭以及緬甸政府的種族壓迫，確實給孤軍上下形成了強大的凝聚力，讓他們成為反抗獨裁專制的自由鬥士。然而即便是同樣遭受中共迫害而加入孤軍的雲南百姓，也會因為個人際遇的不同而對中共產生不同程度的仇恨。比如父親遭槍斃的刁玉良與中共就有不共戴天的仇恨，而楊增彥則因為沒有親人死於中共之手的緣故，對北京採取比較寬容的態度。
從「反動派」到「美帝鷹犬」
當然在50年代那個冷戰高峰的年代，孤軍無論是否100%忠於蔣家，他們與中共的關係都是勢不兩立的。他們有些人「階級成份」不好，是中共定義中的「黑五類」，有的則根本就是國軍，與中共的關係自然處於高度的敵對狀態。外加後來中央情報局（Central Intelligence Agency）介入，扶持雲南反共救國軍進攻大陸，更讓他們的地位從「反動派」搖身一變成為「美帝走狗」。
尤其杜魯門（Harry S. Truman）總統不喜歡蔣中正，在批准「紙計劃」（Operation Paper）援助孤軍的時候，可不只是要他們為在朝鮮半島作戰的美軍開闢第二戰場，還要他們脫離蔣中正的指揮搞「第三勢力」運動。從毛澤東的角度來看，與蔣中正之間的鬥爭尚屬中國人之間的「內部矛盾」，接受中央情報局裝備指揮的孤軍則是「民族敗類」，比國民黨「反動派」更可惡的敵人。
為此李彌成為了蔣中正與毛澤東的「公敵」，就此失去了對孤軍的指揮權。韓戰結束後，以軍人為主體的雲南反共救國軍被政府撤回了台灣，但那些從大陸逃出來參加孤軍的反共青年卻不甘心就放棄打回老家的機會，決定抗命留在緬甸打游擊。於是蔣中正派遣親信柳元麟空降緬甸指揮他們，以確保孤軍扮演反攻大陸的戰略預備隊。
不過當時中華民國為聯合國會員國，且將雲南反共救國軍撤回台灣是聯合國的決議，台北方面自然不得公然違抗。於是蔣中正學起了中共參加韓戰的做法，將雲南反共救國軍更名為雲南人民反共志願軍，撇清與台灣的關係。柳元麟也因為是侍從室出身的關係，由他來領導反共志願軍能夠解決忠程度的問題。
那麼換了一個柳元麟，是否孤軍就不會與美國合作一起反對中共了？答案當然是否定的，蔣中正只是不讓李彌背著自己與美國合作，但是可不反對他自己與美國合作。既然中共與中共扶持的緬甸、寮國、泰國共產黨還有親近中共的緬甸政府是美國和中華民國共同的敵人，那麼雲南人民反共救國軍自然持續與中央情報局合作掃蕩這些反美勢力。
策應「西藏抗暴」
蔣中正換柳元麟指揮孤軍之後，毛澤東一度對孤軍有所放心，認為蔣中正無論有多反共都是中國人，柳元麟又是蔣中正的親信，至少不會帶領孤軍做一些違反「民族大義」的事情。但毛澤東錯了，因為柳元麟早在1959年3月西藏抗暴發生前的一個月，就接受到了來自台北的命令，做好隨時派兵進入西藏支援藏人起兵反共的準備。
