陳前總統的特赦問題，每當舊總統卸任或新總統就職，就被提出。為什麼？
因為阿扁的案件，本來就不是單純的司法問題而已！
首先，卸任不到半年，陳前總統就被上銬逮捕。這個上銬有其必要性嗎？沒錯，逮捕依法可以上銬，但未上銬的逮捕也沒有違法啊。當時選擇上銬，是阿扁會拳打腳踢員警、還是他會當街逃跑？大家心知肚明，背後的政治意涵是：羞辱一位前總統，挫折部分台灣人的心。
隨後的羈押、交保後換法官再羈押，正表示不同的法官有不同的法律見解。然而，一次又一次的延押，等於斬斷阿扁雙手，讓他在看守所內孤立無援、無法全力施展為自己的清白強力辯護。這樣的審判過程，公平嗎？
一次又一次地延長羈押，如果不是出身貧苦、意志力堅強的阿扁，換作其他自小生活優渥的前總統，可能早就崩潰了。
所以，如果他不是阿扁總統，需要上銬逮捕嗎？如果他不是阿扁總統，需要一再延押嗎？如果他不是阿扁總統，需要違反「法定法官原則」中途更換法官嗎？如果他不是阿扁總統，需要引用「實質影響力說」來做為有罪的判決依據嗎？
2016年馬英九總統任期結束前一個多月左右，社會上曾密集出現「建議馬英九總統在卸任前特赦阿扁」的呼聲，認為由馬總統特赦阿扁，具有政治和解的意義。可惜，馬英九以「扁案還有一些案件待審理，無法源特赦」做冷處理，失去了展現智慧與胸襟的歷史契機。
用「還有案件待審無法源特赦」，有人認為是法匠思維。因為赦免法第三條，「受罪刑宣告之人經特赦者，免除其刑之執行；其情節特殊者，得以其罪刑之宣告為無效」，並沒有嚴格規定特赦者必須都是「宣告判決確定者」。況且，已判決確定者，都可以經由特赦免除其刑，更何況尚未審理判決者。
至於蔡英文，兩任總統就職後、或每逢520，均會出現特赦阿扁的聲音。尤其2021年的最後一天，南韓總統宣布特赦朴槿惠，呂副總統也藉機呼籲蔡英文特赦陳水扁。很遺憾的，總統府都是以「現階段最重要的是，確保陳水扁獲得最好的照顧，早日恢復健康」作為回覆。
殊不知，一個人的健康包括身心靈，即使阿扁目前保外就醫，仍不是自由之身心，要「確保陳水扁獲得最好的照顧，早日恢復健康」，沒有特赦陳水扁就辦不到！
事實上，蔡英文曾經親自回答過特赦阿扁的問題。2019年民進黨黨內總統初選時，由於賴清德主張特赦阿扁，於是蔡英文在無可迴避此問題下，於5月21日接受廣播專訪，回答主持人提問時說，「這當然是總統的權力，但是也有法律條件要滿足，另外一個就是社會對這個事情的看法，總統必須考慮到社會對這件事情的觀感」。蔡英文「考慮社會觀感」的說詞，其實是變相承認，阿扁的官司根本是政治問題。
