幸運的是隨著太平洋戰爭爆發，日軍不再將作戰重點放在中國戰場上，熊劍東被周佛海調到上海擔任稅警團的副團長，黃衛軍則納入南京國民政府的指揮體系內，改編為和平建國軍第29師，由黃埔軍校第6期畢業的鄒平凡擔任少將師長，成為了貨真價實的黃埔系部隊。不過直到抗戰勝利以前，無論是熊劍東的稅警團還是鄒平凡的第29師都不再有與國共部隊大規模交戰的紀錄。
與國共兩黨的複雜關係
南京的警衛軍與武漢的第29師有兩大特點，一是他們在圍剿國共抗日游擊隊的表現上非常消極，二是他們都懷有強烈的中華民族主義情緒，和日軍的關係並不和諧。據張國俊回憶，警衛第3師的首任師長陳孝強，就是因為多次與日軍之間爆發暴力衝突，最終被外放到廣州擔任和平建國軍第20師師長，警衛第3師師長的職務改由黃埔3期畢業的鍾建魂擔任。
而根據晚年定居台灣的第29師老兵饒伯伯回憶，到了戰爭末期日本敗象已露，他們這些和平建國軍官兵也越來越不隱藏自己對日軍的仇視態度。由於每次下鄉，29師都會派出一個營的部隊掩護一個連的日軍行動，和平建國軍的數量已遠多於日軍。所以只要日軍有行為不檢的地方，第29師的阿兵哥就會直接賞日本軍人一兩記耳光，而日軍則絲毫不敢反抗。
此刻的日軍已不再凶狠，可和平建國軍的將領們，尤其是黃埔系的和平建國軍將領們面對日本即將失敗的事實卻不敢囂張太久。他們知道自己身為校長的學生，背叛校長投效汪精衛政權的行為勢必將在戰後為班師回朝的中央政府所追究，屆時下場必死無疑。為了防範自己遭到蔣中正制裁，和平建國軍的黃埔系將領有三個方式應對。
第一種方式最簡單，就是直接開往新4軍的「抗日根據地」投共，一來中共比較不會把他們視為必須殺無赦的叛徒看待，二來是中共也需要黃埔軍校的畢業生協助共軍發展現代化軍隊。為此中共還特別成立黃埔軍校同學會延安分會，專門統戰和平建國軍裡的黃埔系將領，警衛第3師的師長鍾建魂就在得到日本投降消息的第一時間內就選擇轉向擁護共產黨，躲避了來自政府的制裁。
除了轉投共產黨外，第二種求生存的方式就是在日本投降之際配合政府防止共軍搶佔淪陷區來將功贖罪。比如前警衛第3師師長陳孝強，就因為指揮他的和平建國軍第20師阻止共軍拿下廣州有功，被蔣中正指派為廣東先遣軍第1師的師長，不只逃脫了制裁，還在1949年後來到台灣，出任台灣省保安司令部第1師師長要職，稱得上是台灣的「保警之父」。
最早的第三勢力運動
另外還有一批黃埔軍校生，既害怕中央政府的制裁又不甘心放下身段參加共軍，於是就有了在國共之外發展出第三支武裝力量的想法。考量到日本無條件投降後，還有為數不少的日軍對於自己輸給了蔣中正的結果並不心服，包括南京的劉啟雄與武漢的鄒平凡都產生了與這股日軍合作組建第三勢力，持續頑抗中央政府的想法。
