如果說外蒙古能夠順利獨立路上最大的貴人，其實就是俄國，不論是帝俄還是蘇聯，都堅持不懈地將外蒙獨立政策執行到底，當然他們的意圖是有朝一日要將蒙古併吞，可不是真的要做好事扶植蒙古獨立。
1913年內、外蒙統一戰爭開打
博格達汗國的成立，代表重建林丹汗之後又一次由蒙古人統治的大蒙古國，博格達汗國隨即開始策動內蒙古的其他蒙古部落響應脫離中國，加入蒙古國，也確實獲得很多響應。
建國的第一年，也就是1912年，漠南蒙古的呼倫貝爾盟與錫林郭勒盟的蒙古扎薩克首領就有人起來響應外蒙古獨立浪潮，甚至成立了「大清帝國義軍」並攻陷呼倫（今天的海拉爾市），成立自治政府並接受外蒙政府的收編。1913年初外蒙軍針對漠南蒙古發動五路進攻，初期獲得勝利，拓地無數，因為中國的北洋政府內部還在爭權奪利，無暇顧及外來威脅。
1913年的9月18日中國北洋政府的外交部長孫寶琦與俄國駐華公使庫朋斯齊（Vacily Nikolaevich Krupensky）簽署《中俄聲明文件》，在文件中，中國政府承諾不在外蒙駐兵、殖民、設官，且承認外蒙地區享有自治權，承認1912年俄國與蒙古簽署之《俄蒙協約》及其專條，換回俄國承認中國在外蒙的宗主權。基於宗主權，俄國承認外蒙古為中國領土一部分。外交努力過後，北洋政府準備武力反擊了。當年10月北洋軍開始北上反擊，後勤戰線拉太長，補給已經出現問題的外蒙軍隊遭擊退回戈壁以北，內蒙古的蒙古人跟外蒙古的蒙古人自此失去統合的機會。
不過內蒙古的蒙古人與外蒙古的蒙古人其實本來就不是一個部族的，也沒有多少兄弟情誼可言，因此就是硬要把他們放在一起，也是吵吵鬧鬧的下場而已，還不如分開各過各的。
在中國政府持續努力下，加上1914年起沙俄政府已經捲入慘烈的第一次世界大戰，在俄國西部與強大的德軍戰鬥，快速消耗國家實力與軍力，實在無法維持在東線的擴張政策，於是不得不跟中國政府妥協，以營造西伯利亞方向的和平環境，讓帝俄主力部隊繼續在東歐的一戰戰場上與德意志的強軍對抗。
1916年沙俄再以200萬軍隊死傷100萬之代價擊退德奧軍隊，但也導致國內社會各種矛盾加劇，革命紛紛爆發。最終導致1917年3月8日爆發俄國歷史上的二月革命，推翻沙皇羅曼諾夫王朝，但之後的臨時政府持續與德國的戰爭，結果在11月由列寧領導十月革命推翻臨時政府，建立蘇維埃政權，並即退出戰爭。
看到俄國西線發生的事情，再來對照東線蒙古地區發生的事情，就很清楚原因了。1915年6月7日，中、俄、蒙《恰克圖協定》簽署，這次沙俄不再站在蒙古那一邊，而是把外蒙古賣給了中國，6月9日外蒙古宣布取消獨立，中華民國的總統袁世凱策封「哲布尊丹巴大喇嘛」為「呼圖克圖汗」，赦免獨立運動人士，外蒙古改為自治，成立自治政府，回到中國北京政府的統治下。
