當年11月由土謝圖汗部盟長，清廷冊封的鎮國公「噶丁巴爾.察達扎布（Gadinbalyn Tzardarzav）」宣佈在庫倫建立「臨時總理喀爾喀事務衙門」並擔任首任首相。當年12月1日駐節在庫倫，也就是今天烏蘭巴托的蒙古宗教領袖「第八世哲布尊丹巴呼圖克圖」在沙俄外交官、俄國駐軍與蒙古各勢力的鼓動與擁戴下，宣布外蒙古獨立，建立以「哲布尊丹巴活佛」為元首「博格達格根額真汗（Bogd Gegeen Erjin Khan/蒙文為Богд Гэгээн Эзэн хаан）」的「大蒙古國」，也稱「博格達汗國／博格達汗蒙古兀魯斯（Bogd Khan Mongol Ulus）」年號「共戴」。
自己都快要自身難保的清朝立即反應派員查辦，並想法勸說外蒙古取消獨立，但未成功。蒙古汗國政府通告清朝庫倫辦事大臣表示，外蒙古已獨立，並驅逐辦事大臣人等出境。哲布尊丹巴活佛當年12月29日舉行正式登基大典，被上尊號「博格達格根額真汗」係大蒙古國政教合一的領袖，擁有軍隊、議會與內閣，大權掌握在大汗手上。
清廷在最後退位之前也試圖要挽回外蒙，但沒有成效，帝俄勢力已經佔據外蒙，派誰去都沒用。1911年12月29日外蒙古正式宣布脫離中國獨立，這一天就是今日蒙古國的「蒙古自由與獨立紀念日（National Freedom and Independence Day/ Монгол Улсын тусгаар тогтнол（蒙文）」，也是「12月29日獨立宣言紀念日」，直到今天都還是現代蒙古國的法定國慶日。
這個博格達汗國馬上與帝俄簽署俄蒙協約，還與當時支持外蒙獨立的西藏第十三世達賴喇嘛政府簽署相互承認獨立的「蒙藏條約」。所以上一世的達賴喇嘛與上一世的哲布尊丹巴呼圖克圖活佛其實就已經在致力於蒙古與西藏獨立，只是因為歷史緣故兩者發展走上不同道路。
1912年1月，清朝退位，改建中華民國後，扎薩克圖汗在俄國駐烏里雅蘇台領事合作下，驅逐末代烏里雅蘇台將軍奎芳與參贊大臣榮恩等滿人官員，帝俄哥薩克騎兵負責將奎芳擊敗並押解驅逐出境。新疆都督楊增新奉清廷之命出兵救援，但已經來不及，1912年5月沙俄與外蒙軍隊聯軍攻陷科布多，科布多參贊大臣溥及官員、駐軍部隊等700餘人全數瓦解並遭驅逐出境，退入新疆境內，外蒙古汗國政府控制外蒙古全境。
當時中華民國是由袁世凱北洋政府控制，各任外交總長梁如浩、陸徵祥等人也都為外蒙脫離中國問題與帝俄頻繁交涉，傷透腦筋，就是嘴硬不予承認，也擋不住俄國一次又一次強硬施壓。
