台灣在學運之後，又爆發反核大戰，使馬英九政府雪上加霜。民進黨前主席林義雄絕食反核四，掀起民眾反核大潮。國民黨籍縣市長憂心反核將衝擊國民黨在年底七合一選舉的選情，使得核電大逆轉，迫使政府宣布核四停工，並將核四訴諸公投。如果核四最終停建，待現有的三家核電廠除役，台灣最快將於二零二五年實現「無核家園」，但由於核電佔台灣用電量兩成，廢核將衝擊台灣經濟。
學運退場之後，台灣緊接著又進入另一場核電大戰，民進黨前主席林義雄無限期禁食行動開出廢核第一槍，讓詭譎的政局更加緊繃，這位反核代表性人物以近乎死諫方式要求停建核四（第四核電廠），做法相當罕見，一股山雨欲來的氣氛籠罩台灣，逼使馬英九政府攤牌。
林義雄的禁食，一如學運佔領立法院，本質都是要逼迫總統馬英九讓步，但林義雄對人心所造成的震撼程度更加劇烈，使得核電議題演變成yes or no的選擇，壓縮理性討論的空間；才飽受學運重創的馬英九，已經禁不起另一波反核的衝擊。
林義雄禁食所促發的核電大戰，已經轉為個人意志與政府體制的博弈，也是林義雄與馬英九意志的博弈，馬陷入兩難，若不停建核四，讓林義雄繼續「絕」下去，勢必引發不顧林死活的民意反彈，反之，若屈從林的理念，一如當年陳水扁逕自宣布停建核四，後續缺電對經濟的衝擊也不能不顧。孰輕孰重？
在禁食一週後，林義雄突然赴台大醫院調養身體，外界有各種傳聞，四月三十日他在禁食網站貼出「感謝你！台灣人！——為停止禁食敬告親友」，指出對當今的掌權者本無任何期待，禁食的目的是在「懇請台灣人民以積極有力的方法」展現力量。半個月來，台灣人民的優異表現，令他感動與感激，為了回應台灣人民的真摯關愛，決定停止禁食，並誓願以餘生與台灣人民共同盡力維護台灣的民主和主權，共同奮鬥。
面對這場攸關台灣經濟發展的反核風暴，馬英九其實並非鐵板一塊，早先的妥協是核四完工安檢，經公投始能放置燃料棒，強調任內不碰核四，留給後任總統決定，但林義雄不接受，堅持廢核，或者降低公投門檻，馬本來還想寸步不讓，但在四月二十七日邀十五位黨籍縣市長磋商後，決策大逆轉，這些地方首長都對反核可能衝擊年底七合一選情感到憂心，台中市長胡志強更力陳林義雄安危迫在眉睫，馬才拍板核四「封存」，也就是暫時停「工」（非停「建」），核四未來命運交由下一代決定。
馬政府的立場其實只是回到去年二月二十六日朝野協商決議：「核四案的公民投票有結果前不辦理追加預算、不放置燃料棒，有關已編列預算之執行，除了已經發包跟安檢工作之外，暫停施工」。但因馬英九用的是「封存」核四的字眼，讓外界誤以為國民黨做出重大讓步。
